我对 R 中的 IGraph 相当陌生。
我正在使用 IGraph 进行社区检测，并且已经使用 walktrap 技术构建了我的社区/集群。
接下来，在每个集群中，我想计算每两个特定顶点之间的顶点数。我想这样做的原因是，对于每个顶点 XX，我想列出通过说最大 3 个顶点连接到 XX 的顶点，这意味着距离 XX 不超过 3 个顶点。
谁能帮忙在R中如何做到这一点？
【问题讨论】：
制作随机图（用于演示）：
g <- erdos.renyi.game(100, 1/25)
plot(g,vertex.size=3)
获取walktrap社区并保存为顶点属性：
V(g)$community<-walktrap.community(g, modularity = TRUE, membership = TRUE)$membership
V(g)$community
现在制作一个仅包含一个社区的边和顶点的子图，例如社区 2：
sub<-induced.subgraph(g,v=V(g)$community==2)
plot(sub)
制作一个包含所有最短路径的矩阵：
shortestPs<-shortest.paths(sub)
现在计算小于或等于 3 的最短路径数。
我还排除了从每个节点到自身的最短路径 (shortestPaths!=0)。
也除以二，因为每个节点对在无向图的矩阵中出现两次。
Number_of_shortest_paths_smaller_3 <- length(which(shortestPs<=3 & shortestPs!=0))/2
Number_of_shortest_paths_smaller_3
希望这与您所需要的很接近，祝您好运！
【讨论】：