R igraph 顶点间距答案

【问题标题】：R igraph vertex spacingR igraph 顶点间距
【发布时间】：2015-11-20 17:43:52
【问题描述】：

我正在使用 igraph 绘制网络，但似乎无法将节点（顶点）绘制在彼此之上。

我的代码：

g<-graph.empty(n=0, directed=FALSE)
nodes<-my_verts
edge<-my_intra_edges
freq<-nodes[,2]
max_freq<-sum(freq)
frequency<-freq*50/max_freq
colour1<-heat.colors(max_freq/2+2)
colour<-rev(colour1)
g<-igraph::add.vertices(g, length(nodes[,2]), name=as.character(nodes[,1]),     color=colour[freq/2+2])
names<-V(g)$name
ids<-1:length(names)
names(ids)<-names
from<-as.character(edge[,1])
to<-as.character(edge[,2])
edges<-matrix(c(ids[from], ids[to]), nc=2)
my_weight<-edge[,3]
g<-add.edges(g, t(edges), weight=my_weight)
V(g)$label<-V(g)$name
my_radius<-sqrt(my_verts[,2]/pi)
V(g)$size<-my_radius
V(g)$label.cex<-0.0001
del_ids<-intersect(which(degree(g)==0), which(freq==1))
g1<-delete.vertices(g, ids[del_ids])
length(del_ids)
jpeg(file="BC9.jpeg", height=7016, width=7016, res=600)
par(mfrow=c(1,1), mar=c(5,5,5,5))
title=c("BC9")
layout<-layout_with_graphopt(g1, niter=800)
plot(g1, layout=layout, edge.color="darkblue", main=title, edge.width=0.2)
dev.off()

目前这会将大多数节点绘制为独立点，但有些节点会被绘制在彼此之上。有没有办法让节点有更好的间距？谢谢。

【问题讨论】：

欢迎来到 StackOverflow。如果您提供一个最低限度的可重现示例，您的问题更有可能引起注意。例如，您没有定义my_verts 或my_intra_edges，因此您的代码不会按原样运行。我建议您read this 获得一些关于如何最好地提出问题的建议。
这真是让人头疼。 Here我试图解决它，但你必须非常努力地处理参数，当然除非另一个用户提供了更好的解决方案。

标签： r igraph

【解决方案1】：

我对 igraph 也有同样的问题，这些算法提供的布局似乎并不能防止节点重叠。

可能有人会想出一个好的 igraph-only 解决方案，但我目前非常乏味的解决方法是：我在 Gephi 上打开网络，然后我使用 Force Atlas 2 算法并选中“防止重叠”选项，我保存.gexf 文件，然后我从文件中提取x,y,z 坐标，然后将其用作 igraph 中的布局。

【讨论】：

【解决方案2】：

据我了解，绘图的坐标已重新缩放，但您可以使用 rescale 参数停止它并手动执行操作。您还可以使用norm_coords() 使用您拥有的边界来规范化绘图。我不了解其中的所有细节，但它对我有用。

library(igraph)

g <- barabasi.game(100) # create a graph

lo <- layout_with_kk(g) # create a layout

lo <- norm_coords(lo, ymin=-1, ymax=1, xmin=-1, xmax=1)
# I think this tells igraph to normalize the coordinates of the 
# layout relative to the space you're working with

# see how it works
par(mfrow=c(1,2), mar=c(0,0,0,0))

plot(g, edge.arrow.width = .25,
     edge.arrow.size = .25,
     vertex.label = NA,
     vertex.size = 5, 
     rescale=FALSE, 
     layout=lo*0.25)
plot(g, edge.arrow.width = .25,
     edge.arrow.size = .25,
     vertex.label = NA,
     vertex.size = 5, 
     rescale=FALSE, 
     layout=lo*1)

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020 年 9 月 10 日创建}

【讨论】：