R：置信区间与 ggplot2 部分显示（使用 geom_smooth()）答案

【问题标题】：R : confidence interval being partially displayed with ggplot2 (using geom_smooth())R：置信区间与 ggplot2 部分显示（使用 geom_smooth()）
【发布时间】：2013-10-09 12:46:28
【问题描述】：

我有以下简单的 R 代码：

disciplines <- c("A","C","B","D","E")
# To stop ggplot from imposing alphabetical ordering on x-axis
disciplines <- factor(disciplines, levels=disciplines, ordered=T)

d1 <- c(0.498, 0.521, 0.332, 0.04, 0.04)
d2 <- c(0.266, 0.202, 0.236, 0.06, 0.06)
d3 <- c(0.983, 0.755, 0.863, 0.803, 0.913)
d4 <- c(0.896, 0.802, 0.960, 0.611, 0.994)

df <- data.frame(disciplines, d1, d2, d3, d4)
df.m <- melt(df)
graph <- ggplot(df.m, aes(group=1,disciplines,value,colour=variable,shape=variable)) +
         geom_point() +
         geom_smooth(stat="smooth", method=loess, level=0.95) +
         scale_x_discrete(name="Disciplines") +
         scale_y_continuous(limits=c(-1,1), name="Measurement")

输出如下所示：

为什么置信区间没有显示在整条曲线上？

注意事项：

我不想使用 fullrange=TRUE，因为这只会在当前输出中产生一条蓝色直线而不是锯齿形。
我将此图与另一个在 (0,-1] 范围内具有负值的图进行比较，这就是为什么 y 轴有 limits=c(-1,1))

【问题讨论】：

标签： r plot ggplot2 smoothing

【解决方案1】：

对于置信区间的前三个部分，范围的顶端至少部分超出范围（范围为 [-1, 1]，而不是轴上稍微扩大的范围）。 ggplot 的默认行为是不显示任何部分超出范围的对象。您可以通过将oob=scales::rescale_none 添加到scale_y_continuous 来解决此问题：

library(scales)
graph <- ggplot(df.m, aes(group=1,disciplines,value,colour=variable,shape=variable)) +
         geom_point() +
         geom_smooth(stat="smooth", method=loess, level=0.95) +
         scale_x_discrete(name="Disciplines") +
         scale_y_continuous(limits=c(-1,1), name="Measurement", oob=rescale_none)

【讨论】：

成功了！感谢您的快速答复。我盯着 y 轴的空下半部分，认为这有什么问题……但我忘记了上限是 1.0！置信区间只是稍微超出了一点。我有一种感觉，你的回答为我在 R 出没的未来节省了很多谷歌搜索时间。
请注意，您需要显式加载 scales 包。
@Noam Ross，在?continuous_scale 中只说“oob：如何处理超出比例限制（超出范围）的值？`。我在哪里可以阅读有关“做什么”的更多信息？
@Henrik：文档记录很差。 oob= 采用一个函数的名称，该函数采用越界值并对其进行修改。这些函数在scales 包中。默认 (censor) 会删除这些值。 rescale_none 让他们独自一人。其他人 (rescale_*) 以各种方式修改这些值。例如，rescale_max 会将所有超出范围的值设置为轴的最大值。

【解决方案2】：

一个更好的文档，也许更直观的解决方案是简单地使用coord_cartesian：

ggplot(df.m, aes(group=1,disciplines,value,colour=variable,shape=variable)) +
         geom_point() +
         geom_smooth(stat="smooth", method=loess, level=0.95) +
         scale_x_discrete(name="Disciplines") +
         coord_cartesian(ylim = c(-1,1))

【讨论】：