如何使用networkx导出网络和graphml中的属性？

Question

1. 嗨，我对网络很陌生，我一直在尝试编写一个代码来获取文件夹的所有 .edges 和 .nodes 文件并生成一个 graphml 文件，以便我可以在另一个软件中对其进行可视化。但是我还需要在我的节点中添加一些颜色，但是当我尝试它时，我得到了：KeyError 29
2. 我在我的节点数组中运行一个循环来添加每个节点的颜色。

3. 这是我尝试添加颜色属性的代码部分。因此，节点将用 4 种不同的颜色着色：最佳适应度、最差、前 10% 最佳适应度和 10% 最差。

   for i in range(len(nodes)):
      if nodes[i]==top:
      NetGraph.node[i]['color']='r'
   

4. 希望你能帮助我！干杯

Answer 1

如果您尝试将存储在多个不同.nodes' and.edges 文件中的关系数据“合并”到一个图表中，那么当从磁盘读取文件时，您可能会遇到一个节点尚未添加到图表中。

总的来说，我觉得需要更多信息才能为这个问题提供更有意义的答案。例如：.node 和.edge 文件的格式是什么？ top 变量中有什么？ （这是代表阈值的列表还是单个数字变量？）。

但是，根据到目前为止在这个问题中提到的内容，这里有一些提示：

1. 尝试先构建图表，然后再为它着色。如果您已经拥有健身数据，这可能显得无足轻重，但这是让您获得工作代码的最简单方法。

2. 确保您的节点 ID 确实是整数。也就是说，每个节点在图中通过其索引值是已知的。例如 2、3、5 等，而不是“巴黎”、“伦敦”、“柏林”等（即字符串节点 ID）。如果是后者，那么 for 最好形成为：for aNode in G.nodes(data = True):。这将返回一个包含每个节点 ID 的迭代器和一个包含所有现有节点数据的字典。

3. 如果 top 是单个变量，那么将节点的 ID 与 top 阈值进行比较是没有意义的。这就像说如果 22（这是一个节点 ID）等于 89（这是效率的某种表达）然后将红色应用于节点。 如果top 是一个列表，其中包含所有被视为top 节点的节点，那么条件表达式应该是：if nodes[i] in top:。

   4. 您似乎跳过了if (?) 下方的缩进。如果条件为True，则为节点分配颜色的语句需要向右缩进一组，每组4个空格。

   5. 分配颜色的表达式是正确的。

   6. 请注意，Networkx 将尝试将它在 Graph 中遇到的每个节点和边缘属性写入适当的格式。有关这方面的更多信息，请参阅对此问题的回复。因此，一旦您对给定图（G）的结构感到满意，那么您可以简单地调用networkx.write_graphml(G, 'mygraph.gml') 将其保存到磁盘（其中networkx 是模块的名称）。 networkx.write_* 函数会将您的图形 (G) 的完整版本导出为多种不同的格式，或者如果无法正确序列化数据类型，则会引发异常。

我希望这会有所帮助。如果稍后提供更多详细信息，很高兴修改回复。