在python中使用networkx处理graphml文件答案

【问题标题】：Processing graphml file with networkx in python在python中使用networkx处理graphml文件
【发布时间】：2013-06-08 18:34:15
【问题描述】：

我需要处理由 yEd 图创建的 graphml (XML) 文件，以获取该图的节点和边属性。我需要使用 networkX 库来做到这一点。我是 Python 的新手，我从来没有使用过 networkX 库，所以任何帮助都将不胜感激。

【问题讨论】：

标签： python xml networkx

【解决方案1】：

这应该让你开始......

在 yEd 中使用 GraphML 格式创建图形和文件 > 另存为...。说，你把它保存到文件'test.graphml'。

导航到该目录并运行 Python：

>>> import networkx as nx
>>> import matplotlib.pyplot as plt
>>> G = nx.read_graphml('test.graphml')
>>> nx.draw(G)
>>> plt.show()
>>>

此外，如果你想读取和处理节点的属性，你可以遍历它们，从它们中提取数据，如下所示：

for node in G.nodes(data=True):
    print node

这将导致类似这样的结果（我在 yEd 中创建了一个随机图来测试它）：

('n8', {'y': '178.1328125', 'x': '268.0', 'label': '8'})
('n9', {'y': '158.1328125', 'x': '0.0', 'label': '9'})
('n0', {'y': '243.1328125', 'x': '160.0', 'label': '0'})
('n1', {'y': '303.1328125', 'x': '78.0', 'label': '1'})
('n2', {'y': '82.1328125', 'x': '221.0', 'label': '2'})
('n3', {'y': '18.1328125', 'x': '114.0', 'label': '3'})
('n4', {'y': '151.1328125', 'x': '170.0', 'label': '4'})
('n5', {'y': '122.1328125', 'x': '85.0', 'label': '5'})
('n6', {'y': '344.1328125', 'x': '231.0', 'label': '6'})
('n7', {'y': '55.1328125', 'x': '290.0', 'label': '7'})

最后一个例子，如果想访问节点n5的x坐标，那么：

>>> print G['n5']['x']

会给你85.0。

【讨论】：

在当前版本的yEd Live中，保存为graphML文件，然后导入NetworkX 2.x，节点属性全部丢失：('n0', {}) ('n1', {}) ('n2', {})

【解决方案2】：

我读了这个问题并想：doc for that package is REALLY good，即使是 Python 标准。你真的应该检查一下。

如果您有一个图形 XML 文件，它看起来就像这样简单：

>>> mygraph=nx.read_gml("path.to.file")

【讨论】：

@gauden：我的意思是——networkX 文档是一个特别好的文档示例，来自一组特别好的示例:)
谢谢！是的，我阅读了整个教程，但它只解释了 networkx 命令，而不是它们如何与 xml 文件交互，这让我感到困惑
文档链接对我不起作用； this one 确实如此。