在分组小提琴图上绘制各个点

Question

经过大量查找，我似乎无法找到我的问题的确切答案，所以我想我会问。

我想使用 ggplot2 制作具有两个条件（“控制 RNAi”和“mex-6 RNAi”）的时间进程的分组小提琴图。每个数据点都来自 3 个不同的副本（数据帧中的“蠕虫”因子），所以我的数据帧格式如下所示（“mean_mex6”是绘制的 Y 值）：

mean_mex6	RNAi	Time	Worm
2.4102356	Control RNAi	2hr	worm1
0.8332575	Control RNAi	2hr	worm1
2.5093177	Control RNAi	2hr	worm1
0.8792359	Control RNAi	2hr	worm1
1.2570116	Control RNAi	2hr	worm1
1.0671826	Control RNAi	2hr	worm1

数据框中还有很多行，但我在上面向您展示的数据只是在“2小时”时间点来自“Control RNAi”上的“worm1”的一些数据点。

我希望在小提琴图的每个 RNAi 组中绘制所有单独的点，但我希望将它们绘制成每个“蠕虫”样本的每个数据点与其他蠕虫的颜色不同。我已经能够创建一个分组小提琴图，其中绘制了所有单独的点，但没有为每个单独的蠕虫样本进行颜色编码：

library(ggplot2)

ggplot(compiled_allhours, aes(x=Time, y=mean_mex6, colour=RNAi)) + 
  geom_violin(trim=FALSE) +
  scale_x_discrete(limits=c("2hr", "4hr","6hr", "8hr","24hr")) + ##This chooses which data to plot and orders them
  geom_quasirandom(aes(x=Time, y=mean_mex6, colour = RNAi), dodge.width = 0.9, varwidth = TRUE) +
  ggtitle(expression(paste(italic("mex-6"), " nuclear signal", " - WT"))) +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) + ##Centers the title of the plot
  xlab("Time") +
  ylab(expression(paste("normalized ", italic("mex-6"), " nuclear signal (A.U.)")))

我附上了这张图的图片。[图 1]https://i.stack.imgur.com/yvfYW.png

如果我尝试通过蠕虫为各个点着色，会发生以下情况：

library(ggplot2)

ggplot(compiled_allhours, aes(x=Time, y=mean_mex6, colour=RNAi)) + 
  geom_violin(trim=FALSE) +
  scale_x_discrete(limits=c("2hr", "4hr","6hr", "8hr","24hr")) + ##This chooses which data to plot and orders them
  geom_quasirandom(aes(x=Time, y=mean_mex6, colour = Worm), dodge.width = 0.9, varwidth = TRUE) +
  ggtitle(expression(paste(italic("mex-6"), " nuclear signal", " - WT"))) +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) + ##Centers the title of the plot
  xlab("Time") +
  ylab(expression(paste("normalized ", italic("mex-6"), " nuclear signal (A.U.)")))

[情节2]https://i.stack.imgur.com/aVJwG.png

所以基本上，我想要第二个图，但所有这些点都合并到小提琴图中，如第一张图所示。感谢您的帮助！

Answer 1

问题是在您的第二个图中，geom_violin 和 geom_quasirandom 应用了不同的分组。因此，这些点和小提琴的“躲避”方式不同，并且彼此不对齐。

要获得您想要的结果，您必须使用 group 美学，即使用 Time 和 RNAi 进行分组，例如interaction.

此外，我没有将Worm 映射到颜色上，而是将其映射到fill（对我来说更有意义，因为 Worm 和 RNai 是不同的变量）并使用填充点（shape=21），它给出了不同的图例。但请随时切换回color 来更改它。

使用更真实的随机数据集，包括不同变量的“所有”选项，试试这个：

set.seed(42)
compiled_allhours <- data.frame(
  mean_mex6 = runif(200),
  RNAi = sample(c("Control RNAi", "mex-6 RNAi"), 200, replace = TRUE),
  Time = sample(c("2hr", "4hr", "6hr", "8hr", "24hr"), 200, replace = TRUE),
  Worm = sample(c("worm1", "worm2", "worm3"), 200, replace = TRUE)
)
library(ggplot2)
library(ggbeeswarm)

ggplot(compiled_allhours, aes(x=Time, y=mean_mex6, group=interaction(RNAi, Time))) + 
  geom_violin(aes(color = RNAi), trim=FALSE) +
  scale_x_discrete(limits=c("2hr", "4hr","6hr", "8hr","24hr")) + ##This chooses which data to plot and orders them
  geom_quasirandom(aes(x=Time, y=mean_mex6, fill = Worm), shape = 21, color = "transparent", dodge.width = 0.9, varwidth = TRUE) +
  ggtitle(expression(paste(italic("mex-6"), " nuclear signal", " - WT"))) +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) + ##Centers the title of the plot
  xlab("Time") +
  ylab(expression(paste("normalized ", italic("mex-6"), " nuclear signal (A.U.)")))

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