ggplot2：如何将点与小提琴图分组？

Question

我想绘制 x 轴为 exon 的小提琴图，但是我想对图进行分组。如果它只是小提琴，则此方法有效，但是当我出于某种原因添加抖动时，它没有响应正确的aes 并且正在自行绘制？这是带有错误屏幕截图的可重现代码。谢谢！

set.seed(1)
df <- data.frame(
  exons = c(rep("e1", 200), rep("e2", 200)),
  values = rnorm(400, 200, 40),
  group = c(
    rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3", 50),
    rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3", 50)
  )
)

ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin() +
  geom_jitter(shape = 16, position = position_jitter(0.07))

因此，如果情节有效，则应该在每个外显子的每个组内绘制点，但这里显然不是。

Answer 1

您可能同时需要position_dodge() 和position_jitterdodge()

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin(position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_point(position = position_jitterdodge(seed = 1, dodge.width = 0.9))

另一个值得一提的选项是ggbeeswarm 包中的geom_quasirandom() 函数

library(ggbeeswarm)
ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin(position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_quasirandom(dodge.width = 0.9, varwidth = TRUE)

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2019-08-10 创建}

Answer 2

你的意思是这样的吗？

set.seed ( 1)
df = data.frame ( 
  exons = c(rep("e1", 200), rep("e2", 200))
  ,values = rnorm(400,200,40)
  ,group = c(rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3",50),
             rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3",50) )
)

ggplot(df, aes(y= values  , x= exons , fill = group )) +
  geom_violin()+ 
  geom_jitter(shape=16, position=position_jitter(width = NULL, height = NULL))

您可以定义 x 和 y 方向的抖动程度。