跨行和列的 R cor答案

【问题标题】：R cor across rows and columns跨行和列的 R cor
【发布时间】：2015-01-21 17:52:55
【问题描述】：

您好，我目前有一个矩阵，其中基因为 row.name，组织类型为 colnames。如果我：

> cor(matrix)
> str(DataCor2)
 num [1:39453, 1:19] 0.502 7.974 33.462 0 14.543 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:39453] "AC205376.4_FG003" "GRMZM2G024563" ...
  ..$ : chr [1:19] "V18_Meotic_TasselR1" "V18_Meotic_TasselR2" ...

我得到了组织类型之间的相关性。我想要做的是获得每个组织类型的基因子集的相关性以获得热图，我尝试过：

cor(v, t(v))

但我收到一条错误消息，提示尺寸不兼容。这是数据的一部分，我想看看不同组织类型的基因之间表达水平的相关性。热图看起来类似于 Y 轴上的基因和 X 轴上的组织的矩阵。希望它更有意义。

【问题讨论】：

标签： r matrix heatmap correlation

【解决方案1】：

假设您想在prefix 的基础上subset genes 并在每个subset 上执行cor

 res <- lapply(split(1:nrow(mat1), gsub("_.*", "", rownames(mat1))),
                               function(i) cor(mat1[i,]))

数据

set.seed(29)
mat1 <- matrix(sample(0:80, 15*3, replace=TRUE), ncol=3,
   dimnames=list(paste(rep(c('V18', 'V19'), c(8,7)), LETTERS[1:15],
   sep="_"), paste0("AC", 1:3)))

【讨论】：