R中的cor和cor.test有什么区别

Question

我有一个数据框，它的列是实验的不同样本。我想找到这些样本之间的相关性。所以样本 v2 和 v3 之间的相关性，样本 v2 和 v4 之间的相关性，...... 这是数据框：

> head(t1)
      V2          V3          V4         V5         V6
1 0.12725011 0.051021886 0.106049328 0.09378767 0.17799444
2 0.86096784 1.263327211 3.073650624 0.75607466 0.92244361
3 0.45791031 0.520207274 1.526476608 0.67499102 0.49817761
4 0.00000000 0.001139721 0.003158557 0.00000000 0.00000000
5 0.13383965 0.098943019 0.099922146 0.13871867 0.09750611
6 0.01016334 0.010187671 0.025410170 0.00000000 0.02369374
> nrow(t1)
[1] 23367

如果我为此数据帧运行 cor 函数以获取样本（列）之间的相关性，我得到所有样本的 NA：

> cor(t1, method= "spearman")
V2 V3 V4 V5 V6
V2  1 NA NA NA NA
V3 NA  1 NA NA NA
V4 NA NA  1 NA NA
V5 NA NA NA  1 NA
V6 NA NA NA NA  1

但是如果我运行这个：

> cor.test(t1[,1],t1[,2], method="spearman")$estimate
rho 
0.92394 

这是不同的。为什么会这样？获得这些样本之间相关性的正确方法是什么？ 提前谢谢你。

Answer 1

您的数据包含NA 值。

来自?cor：

如果 use 是“一切”，则 NA 将在概念上传播，即 每当其贡献之一时，结果值将是 NA 观察结果是 NA。

来自?cor.test

na.action 一个函数，它指示当数据发生时应该发生什么 包含 NA。默认为 getOption("na.action")。

在我的系统上：

getOption("na.action")
[1] "na.omit"

使用which(!is.finite(t1)) 搜索有问题的值，使用which(is.na(t1)) 搜索NA 值。如果您的数据中有 Inf 值，cor 将返回 NaN。