R中跨行和特定列的比例答案

【问题标题】：Proportion across rows and specific columns in RR中跨行和特定列的比例
【发布时间】：2019-07-14 19:26:22
【问题描述】：

我想获得一部分 pcr 检测并使用以下测试数据集创建一个新列。我想要对每一行进行一定比例的检测，仅在 pcr1 到 pcr6 列中。我希望忽略其他列。

  site sample pcr1 pcr2 pcr3 pcr4 pcr5 pcr6
pond 1      1 1    1    1    0    1    1
pond 1      2 1    1    0    0    1    1
pond 1      3 0    0    1    1    1    1

我希望输出创建一个带有比例检测的新列。上面的数据集只是我正在使用的数据集的一小部分。我试过了：

data$detection.proportion <- rowMeans(subset(testdf, select = c(pcr1, pcr2, pcr3, pcr4, pcr5, pcr6)), na.rm = TRUE)

这适用于这个小数据集，但我尝试了较大的数据集，但它不起作用，它会给出不正确的比例。我正在寻找的是一种计算从 pcr1 到 pcr6 的所有 1 并将它们除以 1 和 0 的总数的方法（我知道是 6，但我希望 R 能够识别它以防它没有输入）。

【问题讨论】：

完整数据框中的列是site、sample，然后是所有pcr 列？
@sumshyftw 是的，他们是

标签： r statistics bioinformatics

【解决方案1】：

我找到了一种方法，以防其他人需要。我不知道这是否是最有效的，但它对我有用。

data$detection.proportion <- length(subset(testdf, select = c(pcr1, pcr2, pcr3, pcr4, pcr5, pcr6)))
#Calculates the length of pcrs = 6

p.detection <- rowSums(data[,c(-1, -2, -3, -10)] == "1") 
#Counts the occurrences of 1 (which is detection) for each row 

data$detection.proportion <- p.detection/data$detection.proportion
#Divides the occurrences by the total number of pcrs to find the detected proportion.

【讨论】：