如何将 Networkx Graph 转换为 igraph 对象（从 python 到 R）

Question

我有两个使用 Networkx (Python 3.8) 从头开始​​制作的图形对象。为了帮助理解情况，这是一个摘要 sn-p：

G = nx.Graph()
Z = nx.Graph()

#some work here to get data for nodes and edges

G.add_nodes_from([(data["id"], {"origin": data["origin"], "text": data["text"]})])

#some other work in order to hash data for improved nodes privacy

G.add_edge(h.hexdigest(), data["x"])
Z.add_edge(h.hexdigest(), data["x"], weight=polarity) #here polarity is a simple double value

现在，问题是我想导出这些对象，以便使用 RStudio 和包 igraph 做一些工作。到目前为止，我已经尝试了以下事情（没有任何运气）：

1. 导出到一个简单的邻接列表（但在 RStudio 中我得到一个错误，这与它需要一个方阵有关，我记不太清了）
2. 导出到边缘列表（但我得到了另一种类型的错误，我似乎无法使用权​​重表示）
3. 使用一种幼稚的方法，导出为gml格式，然后安装python-igraph，用Read_Adjacency()函数读取gml文件，然后用Write_Adjacency()函数重新导出（希望通过这个中间步骤，它以某种方式使 igraph 可以理解格式）
4. 我尝试了here 提出的解决方案，但这次也没有成功

我该怎么办？

这是我在 RStudio 中使用的代码：

ADJACENCY=read.csv("myadjlist.csv",header=FALSE,row.names=NULL,sep=";")
ADJACENCY=as.matrix(ADJACENCY)
#then we create the graph
G=graph_from_adjacency_matrix(ADJACENCY, mode="undirected")

还有错误：

graph.adjacency.dense 中的错误（adjmatrix，模式 = 模式，加权 = 加权，： 在structure_generators.c:274：非方阵，非方阵

这是我的邻接列表：

link

Answer 1

igraph 现在支持与networkx 对象的直接转换。有关详细信息，请参阅https://igraph.org/python/doc/igraph.Graph-class.html#from_networkx。如果您首先转换为 igraph 对象（在 Python 中），将其写入文件，然后使用 igraph（在 R 中）将其读回，这应该可以正常工作。