带有 R 的维恩图？ [关闭]答案

【问题标题】：Venn Diagrams with R? [closed]带有 R 的维恩图？ [关闭]
【发布时间】：2010-11-28 13:47:12
【问题描述】：

除了limma 包之外，还有其他用于在 R 中绘制维恩图的包吗？

有人有提示吗？

这里有一些 notes on doing Venn diagrams 和 limma 包。

【问题讨论】：

您好，我仍在寻找可以绘制比例维恩图的软件包。这是我 8 年前发现的最接近的东西，stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2003-February/029393.html。我希望这方面会有更新的发展。
caleydo.org/tools/upset

标签： r venn-diagram

【解决方案1】：

维恩图包列表：

【讨论】：

【解决方案2】：

有Vennerable package on R-forge。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您需要创建 4/5 集的维恩图，gplots 包中的 venn 函数也很有用。

【讨论】：

【解决方案4】：

我使用两个自定义函数来解决问题。我的 venndia 实现绘制了 venn 图并返回 A 和 B（和 C）之间的重叠列表。请参阅下面的代码。

有了这些，你就可以

vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE)

这将绘制和返回数据。您可以通过以下方式关闭返回数据

venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20])

因为 getdata 默认为 FALSE。 /丹尼尔

circle <- function(x, y, r, ...) {
    ang <- seq(0, 2*pi, length = 100)
    xx <- x + r * cos(ang)
    yy <- y + r * sin(ang)
    polygon(xx, yy, ...)
}

venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){
    cMissing <- missing(C)
    if(cMissing){ C <- c() }

    unionAB <- union(A, B)
    unionAC <- union(A, C)
    unionBC <- union(B, C)
    uniqueA <- setdiff(A, unionBC)
    uniqueB <- setdiff(B, unionAC)
    uniqueC <- setdiff(C, unionAB)
    intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C)
    intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B)
    intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A)
    intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C))

    nA <- length(uniqueA)   
    nB <- length(uniqueB)
    nC <- length(uniqueC)

    nAB <- length(intersAB)
    nAC <- length(intersAC)
    nBC <- length(intersBC)

    nABC <- length(intersABC)   

    par(mar=c(2, 2, 0, 0))
    plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...)
    circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA)
    circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA)
    circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA)

    text( x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90" )

    text(
        x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5), 
        y=c(7, 7, 2  , 7  , 4, 4, 5), 
        c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC), 
        cex=2
    )

    if(getdata){
        list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC, 
            AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC , 
            ABC=intersABC
        )
    }
}

【讨论】：

【解决方案5】：

这来得很晚，但它可能对其他寻找答案的人有用： VennDiagram，在 CRAN 上 here。

它允许多组（维恩图 4 组，欧拉图 3 组），可定制的颜色和字体，简单的语法，并且最好的圆形的大小与数据集的大小成正比（至少在比较 2 个数据集）。安装：

install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)

对于那些使用 bioconductor 包并使用基因组坐标的人，最近 vennDiagram 在包ChIPpeakAnno（版本 2.5.12）中是implemented，并允许基因组坐标的漂亮交叉，例如，Chip-seq 峰。对于早期采用者，您可能需要安装 development package。

peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704),
    end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")),
    space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f"))

peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260),
    end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470),
    names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")),
    space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a"))

makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"),
     totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram",
    col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
    alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"))

【讨论】：

vennDiagram 最多允许 5 套
我去论文了，是up to four sets and Euler diagrams with up to three sets.
从 1.6.16 版本开始，VennDiagram 有一个函数draw.quintuple.venn()，它可以绘制五组的维恩图。

【解决方案6】：

Duncan Murdoch has a venn package，不在 CRAN 上。 (hat tip to Gabor Grothendieck)

您也可以阅读它in the "Journal of Statistical Software"。

【讨论】：

包链接失效

【解决方案7】：

这里是对 3 变量数据的另一个版本的参考： http://elliotnoma.wordpress.com/2011/02/09/venn-diagram/

代码也可以在 colourfulVennPlot 包中找到： http://cran.r-project.org/web/packages/colorfulVennPlot/index.html

【讨论】：

请注意，您应该在此处或此站点上发布有用的答案点，否则您的帖子可能会被删除为"Not an Answer"。如果您愿意，您仍然可以包含该链接，但仅作为“参考”。答案应该是独立的，不需要链接。

【解决方案8】：

我会推荐 VennDiagram 包： http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

在 pake 19 中，您会发现 10 个非常好的示例（包括高级示例和简化示例）。到目前为止，我还没有发现任何我需要它做的不能做的事情。

【讨论】：