【问题标题】:R Venn Diagram error - triple venn diagramR 维恩图错误 - 三重维恩图
【发布时间】:2019-02-25 16:29:15
【问题描述】:

我努力绘制一个简单的维恩图,但我遇到了我不理解的错误。

与 Rdocumentation 中为 draw.triple.venn 图函数编写的代码相比,我无法弄清楚我的代码(如下)有什么问题 - 我认为代码很好 (https://www.rdocumentation.org/packages/VennDiagram/versions/1.6.20/topics/draw.triple.venn)。

library(VennDiagram)
library(gridExtra)

body(draw.triple.venn)[[78]] <- substitute(cell.labels <- paste0(areas," : ", round( 100*areas/sum(areas), 1), "%"))
# this line of code adds %s to each of the cells in the Venn Diagram

g <- draw.triple.venn(
    area1 = 2951, 
    area2 = 2764, 
    area3 = 2764,
    n12 = 719, 
    n23 = 807, 
    n13 = 1034, 
    n123 = 325,
    category = c("Mental Health", "Community", "Social Care"),
    fill = c("blue", "red", "green"), 
    cat.col = c("blue", "red", "green"), 
    lty = "blank",
    euler.d = TRUE, 
    scaled = TRUE, 
    cex = 2, 
    cat.cex = 2);

grid.arrange(gTree(children = g), main = "Breakdown of WSIC Service Users", sub = "By table")

我收到的错误消息,但无法弄清楚它的含义是:

Error in if (max.x - min.x >= max.y - min.y) { : 
 missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In sqrt(r1^2 - (l.x.cept.13 - x.centres[1])^2) : NaNs produced
2: In sqrt(r1^2 - (l.x.cept.13 - x.centres[1])^2) : NaNs produced

谢谢!

【问题讨论】:

  • 在新的 R 会话中再试一次。当我尝试这个时,我遇到了同样的错误,但是当我使用新的 R 会话时它们就消失了。这可能是与我加载的另一个包的命名空间冲突
  • 不幸的是,错误消息仍然存在。我也尝试下载最新版本的 R。不知道您是否介意与我分享输出?

标签: r venn-diagram


【解决方案1】:

报告了此问题here 的错误。我试图重现这个例子,我得到了同样的错误。如果你愿意尝试我的 nVennR 库,你可以得到这样的图表:

library(nVennR)
myV <- createVennObj(nSets = 3, sNames = c("Mental Health", "Community", "Social Care"), sSizes = c(0, 598, 913, 807, 873, 1034, 719, 325))
myV <- plotVenn(nVennObj = myV, borderWidth = 2, setColors = c('blue', 'red', 'green'))

结果是一个 SVG 文件:

有一些可视化参数,您可以在vignette 中看到。在那里,您还可以找到 sSizes 中数字的基本原理。 还有其他数据输入方式。最简单的方法是提供包含每个集合元素的列表列表(您可以在小插图开头看到一个示例)。该包会为你计算图表中的所有区域,然后你可以查询属于每个区域的元素。

【讨论】:

  • 谢谢。在请同事尝试后,我设法弄清楚这也是一个错误。不幸的是,你的图表对我来说太复杂了,因为我打算向非技术观众展示我的维恩图。一个非常简单的非比例维恩图就足以满足我的目的。我设法使用名为“limma”的包创建了一个输出,但必须创建一个模拟数据才能这样做。无论如何,感谢您的帮助。
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