我最近在一篇论文中发现了一个不错的 5 组维恩图：
有人知道如何在 R 中编写生成这种维恩图显示的代码吗？
我查看的大多数软件包似乎都产生了不太清晰的版本
有什么想法吗？
编辑：Nature 文章似乎使用了这个网络工具： http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 将它移植到某些 R 包可能仍然很好，尤其是不对称的 Venns，目前在我所知道的任何包中都不可用
【问题讨论】：
标签： r graphics venn-diagram
如果有五个类别，请不要使用维恩图，因为它对读者的眼睛来说太复杂了。试试这样的：https://github.com/const-ae/ggupset。
【讨论】：
也许您可以尝试使用 VennDetail，它不仅可以帮助您生成 venndiagram，还可以为您提供生成“vennpie”图形的选项。您还可以根据图形轻松提取每个子集。
【讨论】：
library(venn); library(tidyverse); library(stringr);
p_th = 0.0;
data <- read_csv("finaldf.csv")
data
venn =
list(A =
data %>%
filter(CVA > p_th) %>%
.$phrase,
B =
data %>%
filter(IHD > p_th) %>%
.$phrase,
C =
data %>%
filter(CM > p_th) %>%
.$phrase,
D =
data %>%
filter(ARR > p_th) %>%
.$phrase,
E =
data %>%
filter(VD > p_th) %>%
.$phrase,
G =
data %>%
filter(CHD > p_th) %>%
.$phrase);
png("ven.png", width = 800, height = 800)
venn.result =
venn(venn, ilabels = TRUE,
zcolor = "style", size = 25, cexil = 1.2, cexsn = 1.5);
dev.off()
6组维恩图
【讨论】：
dput(data) 来使其更有用和可重复吗？
final_df.csv 看起来怎么样
我还在根特大学生物信息学网站上使用了在线维恩图生成器，并且想要自己的功能。当然，这个想法是使每个交叉区域的大小合理，以便计数的文本都可以是相同的大小。这是我的尝试：
fiveCellVenn <- function(colorList=col2rgb(rainbow(5)),
cellCounts=seq(1,31,1),
cellLabels=c("one","two","three","four","five"),
saturation=.25){
rotateVec <-function(vec,amount){
return(c(vec[(amount+1):length(vec)], vec[1:amount]))
}
n=70
xhull <- c()
yhull <- c()
for (i in 1:n){
xhull <- c(xhull, cos((i*2*pi)/n))
yhull <- c(yhull, sin((i*2*pi)/n))
}
## The Venn cells begin as a 70-sided regular polygon
## plot(xhull, yhull)
## polygon(xhull, yhull)
## Multiply each unit vector in the hull by a scalar, arrived at by
## iterative adjustment.
adjust <-c(10,10.35,10.6,10.5,10.4,10.3,10.1,9.6,9,8.5,
8,7.625,7.25,7.125,7,6.875,6.75,6.875,7,7.125,
7.25,7.625,8.1,9.125,10.25,11.375,12.5,13.15,13.8,14.3,
14.6,14.725,14.7,14.7,14.7,14.4,14.1,13.8,13.5,12.8,
12.1,11.15,10.2,9.6,8.95,8.3,7.7,7,6.25,5.6,
5,4.75,4.5,4.25,4,3.8,3.6,3.45,3.45,3.45,
3.5,3.625,3.75,3.825,4,4.25,4.5,5.75,7.25,8.5)
newxhull <- xhull*adjust
newyhull <- yhull*adjust
## Text location was also done by hand:
textLocationX <- c(-13,-3,8,9,-4,-7.5,7.5,-9,-8,4,6.5,-2,9,-4,1.4,4,-7.5,-3.5,7.5,-6,-6.5,6,1.5,4,-0.5,4.5,0,-5,-3.5,3.5,0)
textLocationY <- c(1,12,8,-8,-12,6.5,4.5,1,-4,8.5,-6,8.5,-1.5,-8,-9,5,3.5,6,1.5,-6,-1.5,-2,8,-7,-6.5,2,5.5,2,-3.5,-4,0)
textLocationMatrix <- matrix(cbind(textLocationX,textLocationY),nrow=31,ncol=2)
plot(newxhull, newyhull, pch=".", xlim=c(-16,16), ylim=c(-16,16),
axes=FALSE,xlab="",ylab="")
newAdjust<-adjust
for (i in 1:5){
newxhull <- xhull*newAdjust
newyhull <- yhull*newAdjust
polygon(newxhull, newyhull,
border=rgb(colorList[1,i]/255, colorList[2,i]/255, colorList[3,i]/255, 1),
lwd=2,
col=rgb(colorList[1,i]/255, colorList[2,i]/255, colorList[3,i]/255,saturation))
newAdjust <- rotateVec(newAdjust,14)
}
text(textLocationMatrix[,1], textLocationMatrix[,2],labels=as.character(cellCounts))
text(textLocationMatrix[c(17,2,3,24,14),1]*c(2,1.25,1.5,2,2),
textLocationMatrix[c(17,2,3,24,14),2]*c(2,1.35,1.5,2,2),
labels=cellLabels)
## uncomment and run to get points and grid for adjusting text location
## points(textLocationMatrix[,1], textLocationMatrix[,2])
## for (i in -16:16){
## if (i%%5==0){
## color="black"
## }else{
## color="lightblue"
## }
## abline(v=i,col=color)
## abline(h=i, col=color)
## }
}
然后
fiveCellVenn()
产生与您的第一个相似的维恩。我还没有代表发布图片。您可能想要淡化颜色并移动单元格名称。
【讨论】：