如何将 R conda env 连接到 jupyter notebook答案

【问题标题】：How to connect R conda env to jupyter notebook如何将 R conda env 连接到 jupyter notebook
【发布时间】：2020-08-13 02:28:45
【问题描述】：

我正在使用以下代码创建 conda 环境

 conda create --prefix r_venv_conda r=3.3  r-essentials  r-base --y

然后我通过以下方式激活这个环境

 conda activate r_venv_conda/

然后我尝试运行 Jupyter Notebook（通过运行 jupyter notebook 来运行 jupyter 希望能够连接 R 环境。但是，我收到以下错误

Traceback (most recent call last):
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/bin/jupyter-notebook", line 7, in <module>
    from notebook.notebookapp import main
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/notebook/__init__.py", line 25, in <module>
    from .nbextensions import install_nbextension
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/notebook/nbextensions.py", line 26, in <module>
    from .config_manager import BaseJSONConfigManager
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/notebook/config_manager.py", line 14, in <module>
    from traitlets.config import LoggingConfigurable
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/traitlets/config/__init__.py", line 6, in <module>
    from .application import *
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/traitlets/config/application.py", line 38, in <module>
    import api.helper.background.config_related
ModuleNotFoundError: No module named 'api'

我该如何解决这个问题？

【问题讨论】：

标签： python r jupyter-notebook conda

【解决方案1】：

Jupyter 不会自动识别 Conda 环境，无论是否激活。

内核模块

首先，要使环境作为内核运行，它需要安装适当的内核包。在这种情况下，就是r-irkernel，所以你需要运行

conda install -n r_venv_conda r-irkernel

对于 Python 内核，它是 ipykernel。

内核注册

其次，内核需要注册到 Jupyter。如果你通过 Conda 安装了 Jupyter（比如在 Anaconda base env 中），那么我建议使用 the nb_conda_kernels package，它可以自动发现内核就绪的 Conda-envs。这必须安装在已安装jupyter 的环境中（您只需要一个！），例如，如果这是base，那么

conda install -n base nb_conda_kernels

请read the docs for details。

如果您使用的是系统级安装的 Jupyter（即不是由 Conda 安装），那么您需要手动注册您的内核。

conda activate r_venv_conda
Rscript -e 'IRkernel::installspec(name="ir33", displayname="R 3.3")'

您可以在其中为name 和displayname 设置自己的值。 See IRkernel for details.

运行 Jupyter

再次，如果使用 Conda 安装的 Jupyter，只需将其安装在单个环境中。这是在运行jupyter notebook 之前应该激活的环境。运行后，选择要使用的内核。

【讨论】：

【解决方案2】：

我发现最适合我的方法是

conda create -n viper r python=3.8.8 #check your conda python version
conda activate viper
conda install -c r r-essentials

这将设置那些有用的 r 包，您可以稍后安装更多。并授予对 r-Kernel 的访问权限。

【讨论】：

【解决方案3】：

我使用这些 bash 命令创建 R 环境并将其连接到 jupyter 会话：

# 1. pick a name for the conda environment
name='r_env'
# 2. create the environment
conda create -n $name r-essentials r-base 
# 3. install `irkernel` and `devtools` for `IRkernel/repr`
conda install -c conda-forge r-devtools r-irkernel
# 4. setup `irkernel`
Rscript -e 'IRkernel::installspec(name="$name", displayname="$name")'
# 4. install and setup `IRkernel/repr` (for displaying help messages in jupyter)
Rscript -e 'devtools::install_github("IRkernel/repr")'

【讨论】：