在 R 中，提取第 1 列的值，其中后续列是最大值答案

【问题标题】：In R, extract the value of column 1 where subsequent columns are max在 R 中，提取第 1 列的值，其中后续列是最大值
【发布时间】：2015-01-24 16:19:27
【问题描述】：

我有一个 data.frame 包含 Time 作为第一列，然后每个后续列是单个细胞的转录因子的浓度，例如：

Time = c(0.1,0.2,0.3,0.4,0.5) 
Cell1 = c(1,5,10,4,2) 
Cell2 = c(1,5,4,11,5) 
Cell3 = c(1,9,5,9,5)
df = data.frame(Time,Cell1,Cell2,Cell3)

得到：

     Time Cell1 Cell2 Cell3
1    0.1   1     1     1
2    0.2   5     5     9
3    0.3  10     4     5
4    0.4   4    11     9
5    0.5   2     5     5

现在，我正在尝试提取每个细胞具有最大转录因子浓度的时间，以输出如下内容：

Cell1 0.3
Cell2 0.4
Cell3 0.2,0.4

抱歉，如果这太简单化了，我是 R 新手，并且已经在论坛上摸索了一段时间以寻求答案。我可以通过单独查询每一列来做到这一点，但是我有数百个单元格，并且必须使用我当前的方法为每个单元格编写一个脚本：

cell1_peak=which(df[2]==max(df[2]));cell1_time=df$Time[cell1_peak]

可以通过我当前的方法使用 apply 函数并编译所有单元格以便于导出吗？

【问题讨论】：

标签： r max apply

【解决方案1】：

试试

apply(df[,-1], 2, function(x) 
           df$Time[x %in% max(x)])
#$Cell1
#[1] 0.3

#$Cell2
#[1] 0.4

#$Cell3
#[1] 0.2 0.4

或者

 apply(df[,-1], 2, function(x)  toString(df$Time[x == max(x)]))
  #Cell1      Cell2      Cell3 
  #"0.3"      "0.4" "0.2, 0.4"

【讨论】：

【解决方案2】：

将您的数据转换为“长”格式，然后使用 R 中的众多聚合函数之一。

这里有两种使用“data.table”的方法。

首先，加载所需的包。

library(data.table)
library(reshape2)

选项 1：保持数据较长 - 以后使用更灵活。（我更喜欢这个选项。）从这里，如果你想使用paste 或其他方法折叠它，你可以使用dcast.data.table。

melt(as.data.table(df), id.vars = "Time")[, list(
  Time[value == max(value)]), by = variable]
#    variable  V1
# 1:    Cell1 0.3
# 2:    Cell2 0.4
# 3:    Cell3 0.2
# 4:    Cell3 0.4

选项 2：将结果存储为 list 列。与使用 paste 相比，在后期处理数据时提供了更大的灵活性，但没有多少人期望列是 list。

melt(as.data.table(df), id.vars = "Time")[, list(
  list(Time[value == max(value)])), by = variable]
#    variable      V1
# 1:    Cell1     0.3
# 2:    Cell2     0.4
# 3:    Cell3 0.2,0.4

【讨论】：

谢谢！我选择了您的第二个选项，因为我更喜欢它在同一行中提供具有多个时间点的单元格。我也会记下您的其他选项，以防日后引起问题。再次感谢您，非常简单的解释和简洁的输出。

【解决方案3】：

apply(df[,-1],2,function(x){
                   paste(df$Time[which(x==max(x))],collapse=",")
                 })

给你这个：

Cell1     Cell2     Cell3 
"0.3"     "0.4" "0.2,0.4"

【讨论】：