linux集群上Rscript中的R getopt包返回错误答案

【问题标题】：R getopt package in Rscript on linux cluster returning an errorlinux集群上Rscript中的R getopt包返回错误
【发布时间】：2021-04-18 09:30:43
【问题描述】：

我已经共享了一个在 linux 集群上运行的 Rscript，这是我以前从未做过的事情（现在由于 covid 的限制，没有人可以调试它）。该脚本以 R getopt 包开头，矩阵下方似乎是一个 if 选项：

library("getopt")
    optspec <- matrix(c(
        'reads',     'r', 1, 'character', '/path/to/fastq/reads/',
        'out_dir',   'o', 1, 'character', 'Path to output directory',
        'aggregate', 'a', 0, 'logical',   'Produce aggregated plots',
        'help',      'h', 0, 'logical',   'Display help'
     ),byrow=TRUE,ncol=5)

    opt <- getopt(optspec)

    if (!is.null(opt$help)) {
        cat(getopt(optspec,usage=TRUE))
        q(status=1)
    }

    if (is.null(opt$reads)) {
        cat("Error: no reads argument provconda ided\n")
        cat(getopt(optspec,usage=TRUE))
       q(status=1)
    }

    if (is.null(opt$out_dir)) {
        cat("Error: no out_dir argument provided\n")
        cat(getopt(optspec,usage=TRUE))
        q(status=1)
    }

    aggregate=FALSE

    if (!is.null(opt$aggregate)) {
        aggregate=TRUE
    }

我在集群生成的输出文件中返回的错误总是：

错误：没有读取参数provconda ided

这就是为什么我一直专注于代码行

'reads',     'r', 1, 'character', '/path/to/fastq/reads/',

我已经尝试以各种方式编辑 fastq 文件的路径（脚本最初说“读取”、“r”、1、“字符”、“输入目录的路径”）我已经看到 R 和linux （引号，开头没有 /，用 . 替换路径等）但仍然得到相同的错误，所以我现在不知道是什么原因造成的。我确定它很容易我错过/不理解，但我无法发现我哪里出错了。

脚本以

开头

#!/usr/bin/env Rscript

#$ -j y
#$ -cwd

并且是从我的 cwd 中提取的，这是我需要分析的 fastq 文件所在的位置。我在集群上的 dada2 环境中运行，因为这是序列分析协议的一部分。感谢您提供的任何帮助。

【问题讨论】：

您确定上面代码中的位置是设置数据位置的位置吗？您在命令行上输入了什么来运行脚本（或者如果它是从另一个脚本运行的）调用它的行说吗？）。
我相信 get opt 包用于在 R 中传递参数 - 这里有一个 pdf 手册：cran.r-project.org/web/packages/getopt/index.html
如果您查看第 2 页，您会看到 linrd 3 到 6 上的矩阵正在定义需要传递到脚本的选项（我猜测是 -r your_dir 或 --读取 your_dir )
@SRD，运行脚本的 qsub 命令行包括 -cwd 和 -V 选项，我尝试从 fastq 文件所在的目录和上面的目录运行脚本。我也尝试过没有指定 cwd 的 qsub。这是脚本中的第一步，因此没有其他地方可以设置文件的位置。恐怕我不明白您对手册的评论-我在尝试排除故障时查看了手册，但仍然看不到我的代码中缺少/不正确的内容-您能否扩展您的回复？感谢您迄今为止的帮助
尝试使用 -r /location_I_ave_files 或 -cmd r /location/I/have/files

标签： r linux getopt rscript

【解决方案1】：

上面的代码不是设置脚本需要的选项的地方。参数需要从命令行传入。

您需要使用my_script_name -r /path/to/fastq/reads 或my_scrip_name --reads /path/to/fastq/reads 而不是使用my_script_name 运行脚本您显示的代码是脚本学习接受哪些选项以及必须设置哪些选项的地方。不要编辑这些。

作为一个例子

'reads', 'r', 1, 'character', '/path/to/fastq/reads/'

前两个条目是选项名称的长短形式（读取或 r），“r”后面的 1 表示此选项后面需要一个字符类型的参数，每行的最后一个条目是帮助消息。

上面代码中的if语句意味着如果你不给-r（或--reads）和-o（或--out_dir），脚本会打印帮助信息（你也可以通过调用带有 -h 选项的脚本）。 q(status=1) 是导致脚本不执行任何操作而返回的原因。

-a （或 --aggragate）是可选的，默认为 FALSE 。如果您通过在命令行末尾添加“-a”来为脚本提供此选项，那么它将以某种方式更改绘图样式，而您显示的代码并未显示。

【讨论】：