Linux 上的 Rpy2。 “R 库不包含包”-错误

Question

我尝试安装 rpy2 但它无法加载任何包。

我的 Linux 是 Mint 20，

Python 3.8.2，

R 3.6.3，
rpy2 3.3.5（顺便安装了pip）

我记得我跟着有人说如何从 python 中安装 R 包，这就是我所做的：

import rpy2.robjects.packages as rpackages
utils.chooseCRANmirror(ind=1)

packnames= ("ggplot2", "hexbin")
from rpy2.robjects.vectors import StrVector
# R vector of strings (idk what it does)

names_to_install= [x for x in packnames if not rpackages.isinstalled(x)] 
if len(names_to_install) > 0:
    utils.install_packages(StrVector(names_to_install))
quit()

# It will create a WARNING as such: 
# R[write to console]:  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable

# Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes
# Would you like to create a personal library
# ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
# to install packages into? (yes/No/cancel) yes

# SO JUST SAY YES TWICE AND IT WILL CREATE A NEW FOLDER FOR YOUR INSTALLED PACKAGES!!

好吧，所以我的包安装在 /R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6 中

但是我后来改了，当我尝试从互联网上的一些测试代码时，我收到了一个警告，说我没有包。

#!/usr/bin/python3.8

import rpy2

print("rpy2 version is:", rpy2.__version__)
# >>rpy2 version is: 3.3.5

import rpy2.robjects as robjects

                    # R PACKAGES
# rpy2 is providing a function rpy2.robjects.packages.importr()
# that makes that step very similar to importing Python packages.

from rpy2.robjects.packages import importr  

base = importr('base')
utils = importr('utils')


from rpy2.robjects import Formula, Environment
from rpy2.robjects.vectors import IntVector, FloatVector
from rpy2.robjects.lib import grid
from rpy2.robjects.packages import data
from rpy2.rinterface_lib.embedded import RRuntimeError
import warnings

# The R 'print' function
rprint = robjects.globalenv.find("print")
stats = importr('stats')
grdevices = importr('grDevices')
datasets = importr('datasets')

grid.activate() 

警告是：

R[write to console]: Warning messages:

R[write to console]: 1: 
R[write to console]: In (function (package, help, pos = 2, lib.loc = NULL, character.only = FALSE,  :
R[write to console]: 
 
R[write to console]:  library ‘/usr/lib/R/site-library’ contains no packages

R[write to console]: 2: 
R[write to console]: In (function (package, help, pos = 2, lib.loc = NULL, character.only = FALSE,  :
R[write to console]: 
 
R[write to console]:  library ‘/usr/lib/R/site-library’ contains no packages

然后我尝试从 R 安装软件包，所以我 sudo 打开 R 并输入 install.packages() 对于一些像base、utils、grDevices这样的包，它们算作基础包，它说它不会因此而更新它。但我发现他们的路径是“/usr/lib/R/library”

然后对于我想安装的其他软件包，例如 ggplot2，它将它安装到“/usr/local/lib/R/site-library”中，这是第一个安装步骤中想要的。

这些都不是 rpy2 想要的。它想要 /usr/lib/R/site-library

但我什至发现我可以在导入这样的包时添加路径：

base = importr('base', lib_loc="/usr/lib/R/library")

它确实有效。 我已经从上面（第二个框）逐行测试了我的代码，并将它添加到使用 importr 导入的所有包中。 大多数from x import y 也能正常工作。只是没有网格。 from rpy2.robjects.lib import grid 仍然给了我相同的“库‘/usr/lib/R/site-library’不包含包”消息。 但我不知道如何在那里添加路径！

我的教授和我试图找到解决方案 2 天。我真的很绝望。 为什么路径甚至是这样一个问题？我看到没有人谈论它选择的默认路径不正确，而我发现的所有内容都只是针对 windows 的！如果默认值不正确，那不应该在文档中吗？如果它只适用于其他人，那我做错了什么？

R library contains no packages 是一个类似的问题，但他的 rpy2 想使用 usr/local/lib，这在我的情况下是正确的！ （并没有真正的答案，至少我没有理解）

Answer 1

R 可以通过多种方式安装，接收包的默认目录可以在配置（也可能是安装）时指定。如果您为整个系统安装了 R，并假设这是唯一安装的 R，我们将其称为“系统 R”和安装 R 的目录，安装默认（“推荐”）包，以及其他将安装的软件包位于/usr 下。如果您使用的是预编译和打包的 R（例如 RPM 或 deb），则确切位置将取决于该二进制包。在该目录中写入通常需要提升权限，这就是您需要 sudo 的原因。

除了该目录之外，还可以指定应安装 R 包的其他目录。当 R 提示您使用用户本地目录时，就会发生这种情况。 （注意：你的包然后安装在~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6，而不是/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6）。在 R 中时，.libPaths() 命令会告诉您 R 在哪里寻找它的包，并且该函数的 R 文档将列出 R 如何获取该信息。

最后，您列出了一些包含软件包的目录，或者没有软件包，或者您的问题中可能安装了软件包的位置：

• /usr/local/lib/R/site-library
• ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6
• /usr/lib/R/site-library
• /usr/lib/R/library

几乎可以肯定的是，您的软件包安装位置以及您认为它们的安装位置存在混淆。由于您sudo，在某些时候我建议您卸载并重新安装 R，按照 R 的建议将软件包安装在个人库中，并设置环境变量 R_LIBS_USER 以指向该目录（请参阅 automatically create personal library in R）。