在 anaconda Jupyter 笔记本中安装 R 库以使用 R 魔法

Question

我正在尝试为先知运行一个教程，该教程在 Jupyter 笔记本中使用 R 魔法。以下代码：

%%R
library(prophet)
df <- read.csv('../examples/example_wp_peyton_manning.csv')
df$y <- log(df$y)
m <- prophet(df)
future <- make_future_dataframe(m, periods=366)

返回这个：

Error in library(prophet) : there is no package called ‘prophet’

然后，在我的 iPython 笔记本中运行：

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('prophet')

返回这个：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Secure CRAN mirrors 

 1: 0-Cloud [https]                 2: Australia (Canberra) [https] 
 3: Australia (Melbourne) [https]   4: Australia (Perth) [https]    
 5: Austria [https]                 6: Belgium (Ghent) [https]      
 7: Brazil (RJ) [https]             8: Brazil (SP 1) [https]        
 9: Bulgaria [https]               10: Chile 1 [https]              
11: China (Lanzhou) [https]        12: Colombia (Cali) [https]      
13: Czech Republic [https]         14: Denmark [https]              
15: France (Lyon 1) [https]        16: France (Lyon 2) [https]      
17: France (Marseille) [https]     18: France (Montpellier) [https] 
19: France (Paris 2) [https]       20: Germany (Münster) [https]    
21: Iceland [https]                22: Indonesia (Jakarta) [https]  
23: Ireland [https]                24: Italy (Padua) [https]        
25: Japan (Tokyo) [https]          26: Malaysia [https]             
27: Mexico (Mexico City) [https]   28: Norway [https]               
29: Philippines [https]            30: Russia (Moscow) [https]      
31: Spain (A Coruña) [https]       32: Spain (Madrid) [https]       
33: Sweden [https]                 34: Switzerland [https]          
35: UK (Bristol) [https]           36: UK (Cambridge) [https]       
37: UK (London 1) [https]          38: USA (CA 1) [https]           
39: USA (KS) [https]               40: USA (MI 1) [https]           
41: USA (TN) [https]               42: USA (TX 1) [https]           
43: USA (TX 2) [https]             44: (other mirrors)         

出现一个输入框，我所做的任何选择都会导致：

rpy2.rinterface.NULL

我有 RStudio，Prophet 在 R Studio 中运行没有问题。这告诉我，我在某个地方运行了另一个 R 内核，链接到 Anaconda 中的环境，或者其他一些配置错误。

有什么方法可以解决这个问题，以便我可以使用我在 R Studio 中的内核运行 R 或强制当前的 R 内核安装先知？

我如何知道这个 Jupyter notebook 中 R 魔法使用的 R 内核的位置？

我使用的是 Mac，我可能有一些交叉链接的文件等（我的 Jupyter 笔记本显示 6 个内核，而我真的有 3 个......它重复了我有两次）。

谢谢

Answer 1

您可能有 2 个版本的 R。当您从 Anaconda 安装 R 内核时，它会安装自己的版本，无论您在 RStudio 中有什么。这是你应该做的。在 Jupyter 笔记本中，在单元格中运行以下命令：

%load_ext rpy2.ipython

然后

%%R
.libPaths()

它应该返回如下内容：

[1] "/Users/user/anaconda/lib/R/library"

现在转到 RStudio 并运行同一行：

.libPaths()

它可能会返回如下内容：

[1] "/Users/user/Library/R/3.2/library"                      
[2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library"

在本例中，您可以看到一个 R 在 anaconda 中，另一个是独立的 R。在您的 RStudio 中，您正确加载 Prophet 的那个是独立的。

最好的解决方案是让 RStudio 使用与 Conda 相同的版本。为此，有很多方法可以在两个版本之间切换，但最好的方法是使用一个名为 Rswitch 的简单实用程序，您可以从 here 下载该实用程序。

RSwitch 检测您计算机中的所有 R 版本，并允许您的 RStudio 在您拥有的不同 R 版本之间切换。

再次，我的建议是切换到 Conda 正在使用的 R 版本，并从 RStudio 安装您的软件包以避免从 Jupyter 笔记本执行此操作，这可能会显示诸如

之类的错误

rpy2.rinterface.NULL

你指出的。希望这行得通。

Answer 2

问题中有很多问题。回答其中之一：

我如何知道这个 Jupyter notebook 中 R 魔法使用的 R 内核的位置？

在 Jupyter 中，执行：

%run -m rpy2.situation