【问题标题】:Could not install rpy2 correctly: undefined symbol omp_get_num_procs无法正确安装 rpy2:未定义符号 omp_get_num_procs
【发布时间】:2015-09-07 07:26:41
【问题描述】:

我尝试使用 R 3.1.2 在我的计算机上安装 rpy2,使用

python setup.py install --user

它输出成功,但是当我尝试使用它进行测试时

python -m rpy2.tests

它给了我以下输出:

rpy2 version: 2.6.0
- built against R version: 3-1.2--66913
- running linked to R version: R version 3.1.2 (2014-10-31)
/scratch/opt/python-2.7.9/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.6.0-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/lib/ggplot2.py:59: UserWarning: This was designed againt ggplot2 version 1.0.1 but you have 1.0.0
  warnings.warn('This was designed againt ggplot2 version %s but you have %s' % (TARGET_VERSION, ggplot2.__version__))
....../tmp/tmp05nvfc.py:17: UserWarning:

  ri.baseenv['eval'](ri.parse(rcode))
............................................................................................................................................................................................................python: symbol lookup error: /usr/lib64/RRO-8.0.2/R-3.1.2/lib64/R/lib/libmkl_gnu_thread.so: undefined symbol: omp_get_num_procs

我在这里存储了完整的安装日志:

https://bitbucket.org/Tamaki_Sakura/labscript/src/4cf05da1e19fca5b539c0ffb96c4334c6afe850d/stackoverflowtemp.txt?at=default

这与我在这里的旧问题有点相关:

Could not install rpy2 correctly

但是它们不一样。它发生在不同的机器上,而我现在在这里的机器确实将 R 构建为库。

【问题讨论】:

    标签: python c linux r rpy2


    【解决方案1】:

    问题可能与 openmp 和/或 Intel 的 MKL 与 R 的编译方式有关(运行 rpy2 时情况不同)。可能需要设置环境变量...

    【讨论】:

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