【问题标题】:rpy2 complaining with undefined symbol: Rf_translateCharUTF8rpy2 抱怨未定义的符号:Rf_translateCharUTF8
【发布时间】:2013-06-26 23:31:46
【问题描述】:

我按照here 的步骤构建了 R 和 rpy2,当我测试 import rpy2.tests 时出现以下错误:

/path/to/python2.7/site-packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so: undefined symbol: Rf_translateCharUTF8

rpy2.interface._rinterface import *抛出的异常中

有什么想法吗?

【问题讨论】:

  • 在尝试让 rpy2 工作多年后遇到这么多问题后,我开始使用 PypeR,它运行起来非常简单(并且可以在 Windows 7 64 位上运行)。
  • 卢卡斯我相信这个评论并不是真的有用我不认为它可以帮助 OP 解决他的问题。除此之外,rpy2 的创建者@lgautier 是一个活跃的 SO 用户,而且通常(我很确定)他会带着答案来到这里。
  • @Lucas:我一直在重复,没有对 MS Windows 的真正支持,因为缺乏让它在那里工作的贡献,在少数值得注意的例外情况下(你知道你是谁 - 感谢你的工作)。感谢 Christoph Gohlke,这里也是编译二进制文件的非官方存储库:lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2
  • 抱歉,绝不是贬低 rpy2 对 r 社区的巨大贡献。谢谢你的链接,我试试看!

标签: python r readline rpy2


【解决方案1】:

您是否检查过有关rpy-list 的类似报告是否有帮助?

我现在才看到提出问题的人没有报告问题已解决,但我认为问题在于系统选择了错误的 libR.so。

如果使用 Linux,您还可以考虑为 R 和 rpy2 使用现成的软件包(在基于 debian 的发行版上,我知道有些存储库的版本始终是最新的)。

【讨论】:

  • 谢谢,但我在发布之前阅读了 rpy-list 上的确切线程并遵循了相同的步骤,我当然仍然遇到你提到的问题。顺便说一句,这些步骤与我在我的 OP 中链接到的答案中讨论的步骤基本相同(即基本上使用python setup build --r-home <path_to_desired_R> install 从源代码构建并使用CFLAGSCPPFLAGSLD_LIBRARY_PATH 指向右侧readline库,并预定义env变量RHOMER_HOME指向R安装的根目录)
  • python -m rpy2.tests 应该在控制台上吐出 R 版本 rpy2 所针对的内容。它符合您的期望吗? (注意:我已经很长时间没有使用--r-home 选项了,最好检查一下它是否符合预期)。
  • 我经常测试/使用的是:1)首先在 $PATH 中找到正确的 R,2)将 LD_LIBRARY_PATH 设置为在 $PATH 中为 R 设置包含 libR.so 的目录.取消设置 RHOME 或 R_HOME。
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