为 rpy2 转换 python 对象答案

【问题标题】：Converting python objects for rpy2为 rpy2 转换 python 对象
【发布时间】：2011-01-27 16:40:23
【问题描述】：

以下代码应该在 rpy2 中创建热图

import numpy as np
from rpy2.robjects import r
data = np.random.random((10,10))
r.heatmap(data)

但是，它会导致以下错误

Traceback (most recent call last):
  File "z.py", line 8, in <module>
    labRow=rowNames, labCol=colNames)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 418, in __call__
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args]
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 93, in default_py2ri
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o))))
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

从文档中我了解到 r.heatmap 需要“数字矩阵”。如何将 np.array 转换为所需的数据类型？

【问题讨论】：

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

你需要添加

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

在 rpy2 文档numpy section 中查看更多信息（here 用于旧的 2.x 版本）

在 2.2.x 之前，仅导入就足够了。

仅此导入就足以切换自动转换 numpy 对象转换为 rpy2 对象。

为什么要将此作为可选导入，虽然它本可以包含在函数 py2ri() （如在为此提交的原始补丁函数）？

虽然两者都是有效且合理的选项，设计决定已作出为了将 rpy2 与 numpy 解耦最多，不要假设自动安装 numpy 意味着程序员想要使用它。

【讨论】：

我有点不确定如何“显式激活”编辑@lgautier中提到的转换。我遇到了一个类似的问题，它在旧版本的 rpy2 中有效，但在 rpy2 2.2.2 中似乎被破坏了。你能提供一个简单的例子吗？
对于未来的读者：在导入后添加rpy2.robjects.activate()。他们在导入有副作用时遇到了问题。

【解决方案2】：

对我 (2.2.1) 而言，以下内容也有效（如 http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html 中所述）：

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.numpy2ri import numpy2ri
ro.conversion.py2ri = numpy2ri

【讨论】：

【解决方案3】：

对于 rpy2 2.2.4 我必须添加：

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

【讨论】：