nifti MRI 图像的 XYZ 格式答案

【问题标题】：XYZ fromat of nifti MRI imagesnifti MRI 图像的 XYZ 格式
【发布时间】：2023-02-24 04:50:36
【问题描述】：

我正在处理 X、Y、Z 格式的 3d MRI 图像，其中 Z 是大脑中的切片数。我有 JPEGS 和 niftis，我想将这两个文件保存为 xyz 格式的 numpy 数组。在 nifti 文件格式中，文件以 xyz 形式读入，但是当我打印第一个切片时，我将其作为 x 轴长度 z 和 Y 的长度。我怎样才能将它读作 xyz 并且仍然能够将三维打印为正方形。

img = nib.load(os.path.join(data_path, str(list_dir[i]) + ".nii.gz"))

# Get the data from the NIFTI image
data = img.get_fdata()

# Get the shape of the data
slices = []
print(data.shape)
data = np.transpose(data, (0, 1, 2))
shape = data.shape
print(shape)

# Loop through each slice in the data
for i in range(shape[2]):
    # Get the current slice
    slice = data[:,:,i]
    slice = np.rot90(slice, axes = (1,0))

    # Save the slice as a 3D Numpy array
    slices.append(np.array(slice))
# Convert the list of slices to a Numpy array
print(len(slices))
slices = np.array(slices)
print(slices.shape)

【问题讨论】：

目前还不清楚。 “因为 z 的 x 轴长度和 Y 的长度是”无法理解。
首次加载图像时，data.shape 中的值是多少？他们是你所期望的吗？你说 X、Y 和 Z 是数字，x、y 和 z 是方向，对吗？您是否希望 x 从左到右，y 从前到后，z 从下到上？

标签： python image numpy nifti mri

【解决方案1】：

我知道从一些（比如 3 个）JPEG 文件制作 NIftI 文件的最快方法是：

先下载一个文件试试：
wget https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3b/MRI_brain.jpg

然后，使用您可以获得的所有库

import matplotlib.pyplot as plt;   # for reading JPG files
import nibabel as nib;             # for writing nifti files
import numpy as np;                # for concatenating 2D -> 3D

sli = plt.imread ( '/tmp/MRI_brain.jpg' );     # load the JPG 'slice;
img = np.dstack ( ( sli, sli, sli ) )          # stack copies as 3D
nii = nib.Nifti1Image ( img, np.eye ( 4 ) );   # make a NIfTI image
nii.to_filename ( 'test.nii' );                # save as a NIfTI file

那应该给你一个 3 个切片的 3D 图像。

XYZ 故事的（我认为）你的意思是，在 MRI 图像查看器中，“最快”方向 X 是从左到右，Y 是从前到后，Z 是从下到上。但是这些尺寸可能与图像的存储方式不对应。这些值可能是从右到左而不是从左到右存储的，并且维度可能是 ZXY 而不是 XYZ。

如果您在查看器中打开文件 test.nii，您将看到每个切片都显示一个矢状图像（这将是 XZ 维度），但它们显示为轴向切片，并且（如果查看器解释它们）R-L , A-P 和 I-S 是相反的。这是因为co-ordinate matrix不对应文件中的存储顺序。

在这种情况下，最快的解决方案是使用与存储顺序对应的坐标矩阵：

nii = nib.Nifti1Image ( img, np.asarray ( [ [ 0,  0, 1, 0],
                                            [ 0, -1, 0, 0],
                                            [-1,  0, 0, 0],
                                            [ 0,  0, 0, 1] ] ) );
nii.to_filename ( 'test.nii' );

那么 A-P 和 I-S 的字母就会正确显示。
（切片相同，所以 L-R 和 R-L 之间没有唯一的解决方案）

【讨论】：