从 linux shell 脚本调用 Rscript答案

【问题标题】：Calling Rscript from linux shell script从 linux shell 脚本调用 Rscript
【发布时间】：2016-06-12 16:08:18
【问题描述】：

任何人都可以建议我如何让这个工作......

我有一个 R 脚本，它需要几分钟才能运行并写入几百行输出。我想围绕这个 R 脚本编写一个 shell 脚本包装器，它将在后台启动 R 脚本，将其输出通过管道传输到文件并开始跟踪该文件的底部。如果用户然后输入 CTRL-C 我希望它杀死 shell 脚本和 tail 命令，而不是 R 脚本。听起来很简单吧？

我在下面制作了一个简化的示例，但我不明白为什么这不起作用。每当我杀死 shell 脚本时，尽管显然在后台运行，R 脚本也会被杀死。我试过 nohup、disown 等都没有成功。

例子.R

for(i in 1:1000){
   Sys.sleep(1)
   print(i)
}

包装器.sh

#!/bin/bash

Rscript example.R > logfile &

tail -f logfile

提前致谢！

【问题讨论】：

不，不是这样。如果我这样做，我会在后台运行两个作业，而 CNTL-C 不会杀死它们中的任何一个。我希望 CNTL-C 杀死 tail -f 而不是 Rscript。
我无权访问R，但我只是用 PHP 尝试了这个确切的脚本，它按描述工作。 Ctrl-C 杀死父脚本，但让后台进程继续运行。

标签： r linux bash shell rscript

【解决方案1】：

以下似乎可以在我的 Ubuntu 机器上运行：

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail -f logfile.txt

以下是发送SIGINT到wrapper.sh之前的一些相关流程：

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8519 pts/4    00:00:00 wrapper.sh
 8520 ?        00:00:00 R
 8521 pts/4    00:00:00 tail

在Ctrl+C之后，可以看到R还在运行，但是wrapper.sh和tail已经被杀死了：

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8520 ?        00:00:00 R

虽然在您的Rscript [...] 命令中附加& 会将其发送到后台，但它仍然是同一进程组的一部分，因此也会收到SIGINT。

我不确定这是否是您的意图，但是由于您正在调用tail -f，如果没有被Ctrl+c 中断，那么即使在R 进程完成后，您正在运行wrapper.sh 的shell 也会继续挂起。如果你想避免这种情况，以下应该工作，

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail --pid="$!" -f logfile.txt

其中"$!" 是最后执行的后台进程的进程ID（Rscript [...] 调用）。

【讨论】：

感谢这个答案正是我想要的。