Rscript 检测是否从另一个脚本调用/获取 R 脚本

Question

我编写了一个脚本，当它被获取时，它会检查脚本是否正在使用interactive() 以交互方式运行。如果它以交互方式运行，它不会搜索命令行参数。但是，如果它不是以交互方式运行，它会搜索命令行参数并引发错误。

这通常很好，但有时我会编写第二个 R 脚本，我想独立运行它来处理一些数据。因此 Script2 获取 Script1，而 Script1 检测到它没有以交互方式运行，并开始搜索命令行参数并引发错误。

除了interactive() 之外还有什么方法可以让脚本检测其上下文吗？例如，当它直接运行时与加载它以访问其内部功能之一时，我想要单独的行为。使用软件包，我可以执行类似dplyr::arrange() 的操作来访问arrange，而无需加载所有dplyr。

编辑：我目前非常麻烦的解决方法是启动交互式会话，源 Script1，使用 save.image() 保存函数，然后在 Script2 中使用 load 加载保存的 . R 数据文件。但这显然不是……优雅。

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我不认为我使用的确切代码是相关的，但包括它以防有人认为这对答案很重要......

精简示例代码：

#!/usr/bin/env Rscript

library(optparse)

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if(!interactive()) { 

    # example call
    # Rscript create_reference_file.R -c cd4cd8 -o /home/outputfolder/ 

    option_list = list(
        make_option(c('-c', '--cell'), type = 'character', default = NULL,
                    help = 'the name of the cell',
                    metavar = 'character'),
        make_option(c('-o','--outdir'), type = 'character', default = NULL, 
                    help = 'the location where you wish to store your output',
                    metavar = 'character'),
    )

    opt_parser <- OptionParser(option_list = option_list)
    opt <- parse_args(opt_parser)

    function1(opt); function2(opt) # etc etc, I do stuff with the opt inputs
}

Answer 1

编辑

好的，这更像是 python 的 __name__ 技巧。 （以下之前的答案，出于历史原因保留。）

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if (sys.nframe() == 0L) {
    library(optparse)
    # ...
}

它与人们所希望的一样极简，不需要sourceing 脚本了解它的任何内容，并且即使在嵌套时也能正常工作。

根据Rscript: Determine path of the executing script，可以通过查看脚本名称来使用其他可能的机制（需要额外的功能）。那里存在许多看似合理（一些非常好的）的解决方案，但它们都需要一个未在基本包中定义的预定义函数（或包含在要获取的脚本中的非平凡代码）。如果你想“假设包 X 已安装”，那么你的脚本可能变得不可移植。

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（上一个答案，我建议你用上面的。）

我将把它作为一个 hack 扔掉......它只比你的解决方法略少janky，但它依赖于调用ing 脚本知道什么called 脚本正在测试。

如果调用ing脚本设置了一个变量：

BEING_SOURCED_FROM_SOMEWHERE <- TRUE

然后调用ed 脚本可以检查它：

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if (! exists("BEING_SOURCED_FROM_SOMEWHERE")) {
  library(optparse)
  # ...
}

我不喜欢它。它不像python那样灵活

if __name__ == "__main__":
    import optparse
    # ...

但我认为我不喜欢它，而不是你使用 save 和 load 来定义函数。