抑制 rpy2 中的警告答案

【问题标题】：suppress warnings in rpy2抑制 rpy2 中的警告
【发布时间】：2012-08-13 02:18:32
【问题描述】：

当我在 python 中导入 R 时，使用 rpy2，我如何抑制警告？

看来，在 R 中，您只需执行以下操作

options(warn=-1)

...但是我对 R 不熟悉。如何在 python 中做到这一点？

【问题讨论】：

这些警告是在开始导入 R 包之后出现的，还是在常规会话期间发出的（例如，对于某些 R 表达式）？
后者，它们是由我正在调用的一些函数生成的。
suppressWarnings() 可能是一个选择。

标签： python r warnings rpy2

【解决方案1】：

rpy2 中的警告系统使用 Python 的 warnings 模块。因此，您可以使用该包的 filterwarnings() 函数关闭警告。正如在此处对另一个答案的评论中已经指出的那样，这可能很危险，因为不仅与 R 相关的警告会受到影响。

但是，rpy2 带有自己的警告类，RRuntimeWarning。因此，您可以通过以下方式仅关闭此类警告

import warnings
from rpy2.rinterface import RRuntimeWarning
warnings.filterwarnings("ignore", category=RRuntimeWarning)

【讨论】：

这应该是公认的答案，因为它是“抑制 R 中的警告”的解决方案。接受的解决方案不起作用。

【解决方案2】：

从3.0版本开始，rpy2不使用Python的warnings模块anymore。它现在依赖于logging。新的解决方案是：

from rpy2.rinterface_lib.callbacks import logger as rpy2_logger
import logging
rpy2_logger.setLevel(logging.ERROR)   # will display errors, but not warnings

如果您只想过滤特定警告，请使用：

rpy2_logger.addFilter(lambda record: 'notch went outside hinges' not in record.msg)

请参阅LogRecord 类规范，了解高级过滤的可用字段。

【讨论】：

【解决方案3】：

您几乎自己给出了答案。您可以使用 RPy 从 Python 调用 options(warn=-1) 函数：

rpy.r['options'](warn=-1)

对于 RPy2 应该是这样的（没试过）：

rpy2.robjects.r['options'](warn=-1)

只需将它放在 Python 脚本的开头（在模块导入之后），所有警告都应该被禁止。

【讨论】：

似乎不适用于 rpy2。显然可以通过：import warnings warnings.filterwarnings("ignore") 来粗暴地抑制，这一点都不优雅，因为它不仅影响 rpy2 警告