如何在ggplot中为火山图添加颜色？答案

【问题标题】：How to add color to a volcano plot in ggplot?如何在ggplot中为火山图添加颜色？
【发布时间】：2020-08-12 02:36:43
【问题描述】：

我想更改图表中点的颜色，但是我创建的矢量没有这样做。我的所有代码似乎都运行良好，但图表不会按我想要的方式打印。

左侧应为蓝色，右侧应为红色。

# Basic Volcano Plot 
VP <- ggplot(df.7vsNO, aes(x = log2FC, y = logpv)) + geom_point() + theme_minimal()
print(VP)

VP2 <- VP + geom_vline(xintercept=c(-1.6, 1.6), col="red") +
    geom_hline(yintercept=-log10(0.05), col="red")

print(VP2)

# add a column of NAs
df.7vsNO$diffexpressed <- "NO"

# if log2FoldChange > 1, set as "UP"
df.7vsNO$diffexpressed[df.7vsNO$log2FC > 1] <- "UP"

#if log2FoldChange < 1, set as "DOWN"
df.7vsNO$diffexpressed[df.7vsNO$log2FC < 1] <- "DOWN"

# Re-plot but this time time color the points w/ "diffexpressed"

VP <- ggplot(df.7vsNO, aes(x = log2FC, y = logpv, col(diffexpressed))) + geom_point() + theme_minimal()

print(VP)

# Add lines as before...

VP2 <- VP + geom_vline(xintercept=c(-1.6, 1.6), col="red") +
    geom_hline(yintercept=-log10(0.05), col="red")

print(VP2)

# Change point color

VP3 <- VP2 + scale_color_manual(values=c("blue", "black", "red"))

# named vector

mycolors <- c("blue", "red", "black")
names(mycolors) <- c("DOWN", "UP", "NO")

VP3 <- VP2 + scale_color_manual(values = mycolors)

print(VP3)

【问题讨论】：

欢迎来到 Stack Overflow！您能否通过共享您的数据样本来重现您的问题，以便其他人可以提供帮助（请不要使用str()、head() 或屏幕截图）？您可以使用 reprex 和 datapasta 包来帮助您。另见Help me Help you & How to make a great R reproducible example?

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

我会根据 logFC2 的值创建一个新变量，并从那里为它着色。

library(dplyr)
df.7vsNO %>%
mutate(colour.grp = ifelse(logGC > 1.6, yes = "above", no = "nothing")) %>%
mutate(colour.grp = ifelse(logGC < -1.6, yes = "below", no = colour.grp))

紧随其后

geom_point(aes(colour = colour.grp)) +
scale_colour_manual(values = c("green", "red", "grey")

但不记得如何订购它们了。

【讨论】：