尝试将颜色添加到 R ggplot（火山图）时出错答案

【问题标题】：Error trying to add colours to R ggplot (volcano plot)尝试将颜色添加到 R ggplot（火山图）时出错
【发布时间】：2020-04-20 20:51:34
【问题描述】：

想要制作一个根据重要性和差异表达着色的火山图。使用来自 Limma 对象的 R 中的 toptable 制作了一个数据框。根据调整后的 p 值和 logfc 将颜色列添加到数据框中。所以每个基因也被分配了一个颜色（“填充”），然后用这些颜色来制作ggplot：

 geom_point(mapping = aes(x= logFC, y= log10adj, colour = fill))+
 geom_hline(yintercept=1.3, linetype="dashed", color = "red")+
 geom_vline(xintercept=-1, linetype="dashed", colour= "blue")+
 geom_vline(xintercept=1, linetype="dashed", colour= "blue")+
 xlab("Log2 Fold Change")+
 ylab("-Log10 Adjusted P-value")+
 xlim(-3,3)+
 theme_grey()

但是 ggplot 没有正确着色：

Incorrect plot

如果我在美学中添加形状，我会收到错误：

ggplot(voom_topt)+
  geom_point(mapping = aes(x= logFC, y= log10adj, colour = fill, shape = 23))+
  geom_hline(yintercept=1.3, linetype="dashed", color = "red")+
  geom_vline(xintercept=-1, linetype="dashed", colour= "blue")+
  geom_vline(xintercept=1, linetype="dashed", colour= "blue")+
  xlab("Log2 Fold Change")+
  ylab("-Log10 Adjusted P-value")+
  xlim(-3,3)+
  theme_grey()

错误：不能将连续变量映射到形状运行rlang::last_error() 看看哪里出错了。

有人知道如何解决这个问题吗？我不知道为什么会出错（Ps 我对 R 很陌生）

感谢您的帮助！！

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 limma

【解决方案1】：

你需要像这样使用scale_color_manual

ggplot(mtcars) +
geom_point(mapping = aes(
  x = mpg, y = wt, color = factor(cyl))) + 
scale_color_manual(values = c("red", "black", "green"))

根据我在您的代码中看到的情况，您可以设置color = factor(fill)，然后将您的四种颜色传递给scale_color_manual

【讨论】：