在 R 中安装旧版本 Bioconductor 的 mixOmics 包时出现问题

Question

我花了一天时间尝试在 R 中加载我保存在 renv 锁定文件中的适当包版本。

我使用了 RVAideMemoire 包，它与 bioconductor 中的 mixOmics 绑定，使用 renv::restore() 无法自动加载。

我按照此处列出的步骤安装了适当版本的 bioconductor (3.11) 以获得 moxOmics 版本 6.12.1。

R how to install a specified version of a bioconductor package?

不幸的是，我最终使用了 mixOmics 6.14.1 版。 我尝试使用以下方法加载早期版本：

BiocManager::install("mixOmics", version = '6.12.1')

导致以下错误：

Error: version '6.12.1' must have two components, e.g., '3.7'

这似乎有些不清楚，我认为最后的附加“.1”可能会导致问题，但我尝试加载版本时省略了最后一个“.1”，如图所示：

BiocManager::install("mixOmics", version = "6.12")

我又遇到了一个错误：

Error: unknown Bioconductor version '6.12'; see https://bioconductor.org/install

我在这里有点茫然。只要 mixOmics 软件包安装一直失败，renv::restore() 函数就不会完成更新，所以我似乎有点卡住了，直到我能解决这个问题。

编辑 只是为了提供有关 renv 错误的更多信息，这是我收到的消息：

错误：无法检索包“mixOmics” 另外：警告消息：
1：在 system2("curl", args$data(), stdout = TRUE, stderr = TRUE) ： 运行命令 '"curl" --config "C:/Users/Corey/AppData/Local/Temp/RtmpuYYvKB/renv-tempdir-3d7050aa2ac3/renv-download-config-3d7076f57e1c"' 状态为 22
2：在下载器（url、destfile、type、request、headers）中： curl: (22) 请求的 URL 返回错误：404
3：在 system2("curl", args$data(), stdout = TRUE, stderr = TRUE) ： 运行命令 '"curl" --config "C:/Users/Corey/AppData/Local/Temp/RtmpuYYvKB/renv-tempdir-3d7050aa2ac3/renv-download-config-3d701ff05e24"' 状态为 22
4: 在下载器(url, destfile, type, request, headers) 中： curl: (22) 请求的 URL 返回错误：404`

在尝试了使用的初步建议后
options(renv.settings.bioconductor.version = "3.11") renv::install("bioc::mixOmics@6.12.1")
我收到以下错误：

'getOption("repos")' 替换 Bioconductor 标准存储库，详见 '?repositories' 替换存储库：CRAN：https://cran.rstudio.com
查询可用二进制包的存储库...完成！
查询可用源包的存储库...完成！ 检索“https://bioconductor.org/packages/3.12/bioc/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz”... 检索“https://bioconductor.org/packages/3.12/data/annotation/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz”... 检索“https://bioconductor.org/packages/3.12/data/experiment/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz”... 检索“https://bioconductor.org/packages/3.12/workflows/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz”... 检索“https://bioconductor.org/packages/3.12/books/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz”... 正在检索“https://cran.rstudio.com/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz”...
错误：无法检索包“mixOmics”
另外：有24条警告（使用warnings()查看）

Answer 1

BiocManager::install() 不提供安装特定版本软件包的接口。 version 参数的文档指出：

version: 'character(1)' Bioconductor 要安装的版本，例如， '版本=“3.8”'。特殊符号'version = "devel"' 安装当前的“开发”版本。

也就是说，它与 Bioconductor 版本有关，而不是软件包版本。

也就是说，您应该能够使用renv 来安装来自 Bioconductor 的特定版本的软件包。例如：

options(renv.settings.bioconductor.version = "3.11")
renv::install("bioc::mixOmics@6.12.1")

您也可以使用renv::settings$bioconductor.version("3.11") 将所需版本的Bioconductor 存储为项目设置，供renv 在restore() 期间使用。

我使用了 RVAideMemoire 包，它与 bioconductor 中的 mixOmics 绑定，无法使用 renv::restore() 自动加载。

我很想知道为什么 renv::restore() 不适合你。

编辑：根据您的输出，您正在尝试使用 Bioconductor 3.12，但该版本的 Bioconductor 不提供 mixOmics 6.12.1。您需要设置 renv 使用的 Bioconductor 版本，如本答案中所述。 （您可能还需要安装最新版本的 renv 以获得对此的支持。）