【问题标题】:Install a specific release of bioconductor package安装特定版本的 bioconductor 包
【发布时间】:2016-09-26 23:56:56
【问题描述】:

我有一个 bioconductor 包版本 1.2.14,我刚刚将它更新到版本 1.4.2,不幸的是我得到了不同的结果。

我想确定这是因为包更新。有没有办法恢复到旧版本,或者删除当前版本并指定安装旧版本?

另外,我可以在 GitHub 上看到分支,我想知道它们是否对应于 Bioconductor 的不同版本。 那么,我可以从 GitHub 分支版本安装吗?

【问题讨论】:

  • 包装是什么?您是否使用 Bioconductor 的 biocLite() 命令“更新它”?这将有助于确定正确的解决方案。

标签: r installation package bioconductor


【解决方案1】:

Step1在对象浏览器(Revo R Ent)中,右键单击“Packages Loaded”下的bioconductor包,然后单击Unload Package。

Step2 在对象浏览器(Revo R Ent)中,右键单击“已安装的包”下的bioconductor 包,然后单击“卸载包”。

Step3 关闭 R 的 GUI(在我的示例中:Revo R Ent)。

Step4(Revo R Ent 用户)删除 .xml 文件:

C:\Users\User\Documents\Revolution\32_7.3\PackageXMLs\bioconductor.xml

文件bioconductor.xml(与v1.4.2相关)具有bioconductor 1.4.2的功能在R的GUI中处理的职责。

Step5通过以下方式获取您的图书馆位置:

.libPaths()    
[1] "C:/Revolution/R-Enterprise-7.3/R-3.1.1/library"

Step6 从库位置的 Windows 资源管理器中删除 bioconductor 包的文件夹。 (现在,你摆脱了bioconductor 1.4.2)

Step7 打开 Revo R Enterprise。安装bioconductor 包版本1.2.14: 安装 - 从本地 Zip 文件安装软件包...- 选择 bioconductor 1.2.14 的 .zip - 确定。

现在,bioconductor 文件夹(与 1.2.14 相关)已列在您的库位置中。

Step8 library(bioconductor) # Now, bioconductor v. 1.2.14 works in your R's GUI.

(Revo R Ent 用户)新文件bioconductor.xml(与v1.2.14相关)在C:\Users\User\Documents\Revolution\32_7.3\PackageXMLs中创建

即使您关闭 Revo R Ent,这个 .xml 文件仍会保留在 PackageXMLs 文件夹中以充当缓冲。

虽然我为 R 提供了“Revolution R Enterprise”GUI 的解决方案,但解决方案机制与其他 R 的 GUI 相同。

【讨论】:

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