RDA 可视化 - 根据 RDA1 绘制物种丰度图

Question

我已经对 87 个地块进行了抽样，并确定了总共 9 种蚯蚓。我的目标是调查我的站点（在 87 个地块中采样）的物种丰富度和丰度的变化，该站点已知受到污染（主要受到铜、锌和铅的污染，但我还考虑了由 PCA 提取的土壤环境的 2 种复合测量）。

为此，我执行了 RDA（物种数据经过 hellinger 转换）：

rda(formula = species.hel ~ Cu + Zn + Pb + PCA_axis1 + PCA_axis2, data = env)

模型很重要，我研究的污染物对物种群落确实有影响，我的解释变量解释的方差达到 37%。到目前为止一切都很好，除了现在，我想绘制单个物种丰度如何随 RDA1 变化，例如 Oksanen 在线课程 (http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/ordination101.html#33)：

如果我对 RDA 如何进行的理解是正确的，我应该从 RDA 对象中潜在地提取（非）线性物种对环境变量的响应，每个物种都有一个模型。但是，在 RDA 的摘要对象中，我无法确定要提取哪些数据。如果你们有任何建议，我将不胜感激。

Answer 1

该讲座的源代码位于github。只需查找生成您上面显示的图形的代码段，然后使用您的模型将cca() 更改为rda 并运行代码。不过，结果响应应该是线性（您对非线性响应的期望是非标准的）。