根据 R 中的食物组和丰度绘制细菌

Question

我有一个包含四种细菌类型的数据框：R、B、P、Bi - 这是在 variable.x 中

value.y 是它们的丰度，variable.y 是它们所在的各个组。

我想根据食物类别对它们进行绘制：“FiberCategory”、“FruitCategory”、“VegetablesCategory”和“WholegrainCategory”。我已经制作了 4 个单独的文件，它们具有以下内容：

Sample   Bacteria   Abundance   Category Level
30841102    R       0.005293192 1        Low
30841102    P       0.000002570 1        Low
30841102    B       0.005813275 1        Low
30841102    Bi      0.000000000 1        Low
49812105    R       0.003298709 1        Low
49812105    P       0.000000855 1        Low
49812105    B       0.131147541 1        Low
49812105    Bi      0.000350086 1        Low

所以，我想要一个条形图，显示每个类别中每种细菌的数量。所以它应该是 4 个图，对于每个细菌，y 轴上的值和 x 轴上的食物类别。

我试过这段代码：

library(dplyr)
genus_veg %>% group_by(Genus, Abundance) %>% summarise(Abundance = sum(Abundance)) %>% 
ggplot(aes(x = Level, y= Abundance, fill = Genus)) + geom_bar(stat="identity")

但是得到这个错误：

Error: cannot modify grouping variable

有什么建议吗？

Answer 1

TL;DR 将单个地块与cowplot

合并

超级不清楚问题的另一种解释，这次来自：

在 R 中根据食物组和丰度绘制细菌

和

想根据食物类别对它们进行绘制：“FiberCategory”、“FruitCategory”、“VegetablesCategory”和“WholegrainCategory”。我制作了 4 个单独的文件

您可能要求：

• 你想要一个条形图
• 您需要 4 个地块，每个食品类别一个地块
• x 轴 = 细菌类型
• y 轴 = 细菌丰度

输入

假设您对每个食品类别都有一个数据框。 （同样，我使用的是虚拟数据）

library(tidyr)
library(dplyr)
library(ggplot2)

## The categories you have defined
bacteria <- c("R", "B", "P", "Bi")
food <- c("FiberCategory", "FruitCategory", "VegetablesCategory", "WholegrainCategory")

## Create dummy data for plotting
set.seed(1)
num_rows <- length(bacteria)
num_cols <- length(food)
dummydata <- 
  matrix(data = abs(rnorm(num_rows*num_cols, mean=0.01, sd=0.05)),
         nrow=num_rows, ncol=num_cols)
rownames(dummydata) <- bacteria
colnames(dummydata) <- food
dummydata <-
  dummydata %>%
  as.data.frame() %>%
  tibble::rownames_to_column("bacteria") %>% 
  gather(food, abundance, -bacteria)


## If we have 4 data frames
filter_food <- function(dummydata, foodcat){
  dummydata %>%
    filter(food == foodcat) %>% 
    select(-food)
}
dd_fiber <- filter_food(dummydata, "FiberCategory")
dd_fruit <- filter_food(dummydata, "FruitCategory")
dd_veg <- filter_food(dummydata, "VegetablesCategory")
dd_grain <- filter_food(dummydata, "WholegrainCategory")

一个数据框看起来像这样

#> dd_grain
#  bacteria  abundance
#1        R 0.02106203
#2        B 0.10073499
#3        P 0.06624655
#4       Bi 0.00775332

情节

您可以创建单独的图。 （在这里，我正在使用一个函数来生成我的图）

plot_food <- function(dd, title=""){
  dd %>%
    ggplot(aes(x = bacteria, y = abundance)) +
    geom_bar(stat = "identity") +
    ggtitle(title)
}
plt_fiber <- plot_food(dd_fiber, "fiber")
plt_fruit <- plot_food(dd_fruit, "fruit")
plt_veg <- plot_food(dd_veg, "veg")
plt_grain <- plot_food(dd_grain, "grain")

然后使用cowplot组合它们

cowplot::plot_grid(plt_fiber, plt_fruit, plt_veg, plt_grain)

Answer 2

TL;DR 由facets绘制

你是如何提出这个问题的，非常不清楚。所以我从

解释了你的问题

所以，我想要一个条形图，显示每个类别中每种细菌的数量。因此，每个细菌应该是 4 个图，y 轴为值，x 轴为食物类别。

作为：

• 你想要一个条形图
• 您需要 4 个图，每种细菌类型一个：R、B、P、Bi
• x 轴 = 食品类别
• y 轴 = 细菌丰度

输入

关于输入数据，数据不清楚，例如您没有描述“样本”、“级别”或“类别”是什么。理想情况下，您会将所有食品类别保存在一个数据框中。例如

library(tidyr)
library(dplyr)
library(ggplot2)

## The categories you have defined
bacteria <- c("R", "B", "P", "Bi")
food <- c("FiberCategory", "FruitCategory", "VegetablesCategory", "WholegrainCategory")

## Create dummy data for plotting
set.seed(1)
num_rows <- length(bacteria)
num_cols <- length(food)
dummydata <- 
  matrix(data = abs(rnorm(num_rows*num_cols, mean=0.01, sd=0.05)),
         nrow=num_rows, ncol=num_cols)
rownames(dummydata) <- bacteria
colnames(dummydata) <- food
dummydata <-
  dummydata %>%
  as.data.frame() %>%
  tibble::rownames_to_column("bacteria") %>% 
  gather(food, abundance, -bacteria)

其中的输出如下：

#> dummydata
#   bacteria               food   abundance
#1         R      FiberCategory 0.021322691
#2         B      FiberCategory 0.019182166
#3         P      FiberCategory 0.031781431
#4        Bi      FiberCategory 0.089764040
#5         R      FruitCategory 0.026475389
#6         B      FruitCategory 0.031023419
#7         P      FruitCategory 0.034371453
#8        Bi      FruitCategory 0.046916235
#9         R VegetablesCategory 0.038789068
#10        B VegetablesCategory 0.005269419
#11        P VegetablesCategory 0.085589058
#12       Bi VegetablesCategory 0.029492162
#13        R WholegrainCategory 0.021062029
#14        B WholegrainCategory 0.100734994
#15        P WholegrainCategory 0.066246546
#16       Bi WholegrainCategory 0.007753320

情节

将数据格式化为上述格式后，您可以简单地执行以下操作：

dummydata %>%
  ggplot(aes(x = food,
             y = abundance,
             group = bacteria)) +
  geom_bar(stat="identity") +

  ## Split into 4 plots 
  ## Note: can also use 'facet_grid' to do this
  facet_wrap(~bacteria) +
  theme(
    ## rotate the x-axis label
    axis.text.x = element_text(angle=90, hjust=1, vjust=.5)
    )