从 igraph 中的图中删除未连接的短路径答案

【问题标题】：Delete unconnected short paths from a graph in igraph从 igraph 中的图中删除未连接的短路径
【发布时间】：2019-04-18 22:18:18
【问题描述】：

我正在使用 igraph 中的网络，我有一个网络，其中有相互重叠的短连接节点，所以我们没有看到边缘。我想删除所有这些短连接节点，因为它们没有连接到主网络。度数在这里不起作用，因为节点不是0度。它们要么连接到1个或多个基因，但仍然不在主网络中。即使主网络显示一些重叠基因，我也想纠正。

 net <- simplify(InnatedGraph, remove.multiple = T, remove.loops = T, ) 
 bad.vs<-V(net)[degree(net) == 0] 
 net <-delete.vertices(net, bad.vs)
 plot(net,vertex.label=NA, edge.curved=.1, edge.width = 1,edge.arrow.width = 0.3,vertex.size = 3,asp=-1,edge.arrow.size = 0.5,vertex.label.cex = 0.3)

做完这一切后，我得到了一个像这样的网络

你在主网络周围看到的基因不是孤立的节点，而是与其他重叠的节点相连。有没有办法删除这些基因并防止主网络中的重叠。

【问题讨论】：

标签： r graph igraph

【解决方案1】：

你想要main component。首先，找到组件，然后根据这些组件对图进行子集化。 g 是您的网络：

V(g)$comp <- components(g)$membership
main <- induced_subgraph(g,V(g)$comp==1)

至于重叠节点，请查看 igraph 中可用的不同布局。 ?igraph::layout.

注意：查看@hermidalc 的回答。最大的分量不一定是第一个提取的分量。

【讨论】：

这实际上是错误的。在 igraph 中，最大的组件并不总是第一个 id == 1
不错的收获@hermidalc。我的假设很糟糕。
Np，我知道这一点是因为我过去做了同样的假设，因为对于许多图表，最大的组件是第一个，但我发现某些图表并非如此。

【解决方案2】：

你想要主要/最大的组件，它不一定是第一个 id == 1 的组件

main <- induced_subgraph(
  g, V(g)[components(g)$membership == which.max(components(g)$csize)]
)

【讨论】：