在 R 中使用 iGraph 获取路径的权重答案

【问题标题】：Obtain weight of a path with iGraph in R在 R 中使用 iGraph 获取路径的权重
【发布时间】：2018-04-07 01:25:15
【问题描述】：

我有一个从数据框创建的图表，格式为from, to, cost 列。我还有一个有效的路径（作为连续的顶点，采用vpath 格式的igraph）（我的图是有向的）。

根据我的图表和路径，是否有任何函数可以计算出该路径的成本？

我不是要求最短路径，因为我从all_shortest_paths 获得了路径。但是，我只得到节点继承而不是路径的权重，这也是我需要的。

编辑：数据

这是我变成图表的数据框：http://www.sharecsv.com/s/47209742f0052a37e17db37ea3af63ac/arcsWithCost.csv

我的路径是15 4 50 212 183 112 114 37 228 119

【问题讨论】：

标签： r igraph directed-graph

【解决方案1】：

您将路径作为顶点序列。如果您有边的序列，这将很容易 - 只需将每条边的权重相加即可。所以你需要做的就是将顶点序列转换为边序列。这就是get.edge.ids 所做的，尽管您需要将数据转换为正确的格式。

由于您没有提供任何数据，我将通过一个随机示例进行说明。

library(igraph)
set.seed(1234)
g = erdos.renyi.game(10,0.15, directed=TRUE)
E(g)$weight = sample(5, length(E(g)), replace=TRUE)
plot(g)

好的，现在假设我们要对从节点 1-4-10-3 沿路径的权重求和。我假设你有一个列表c(1,4,10,3)

VP = c(1,4,10,3)
EP = rep(VP, each=2)[-1]
EP = EP[-length(EP)]
E(g)$weight[get.edge.ids(g, EP)]
[1] 1 5 4
sum(E(g)$weight[get.edge.ids(g, EP)])
[1] 10

补充：

在添加到问题的数据中，有 110 个节点，但它们的编号最多为 281。这些数字是节点的标签，而不是节点 ID。您可以使用标签来访问节点，但您必须将它们转换为字符串才能将它们视为标签。此代码适用于您的示例。

VP = c(15, 4, 50, 212, 183, 112, 114, 37, 228, 119)
EP = rep(VP, each=2)[-1]
EP = EP[-length(EP)]
E(g)$cost[get.edge.ids(g, as.character(EP))]
sum(E(g)$cost[get.edge.ids(g, as.character(EP))])

【讨论】：

哇，这是一个非常优雅的解决方案！我能够复制您的示例，但似乎无法使其与我的数据一起使用。我在第一篇文章中添加了数据。我收到错误消息：Cannot get edge ids, invalid vertex id, Invalid vertex id
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@G5W，你能告诉我如何计算圆 c(2,7,6,2) 的权重，即双边三角形的权重吗？从顶点 2 到顶点 7 和从顶点 7 到顶点 2 的边应该在总和中。
@G5W 我没有任何路径序列，我有节点名称/标签（从）和（到）。我已经浏览了这篇文章，但没有任何想法。你介意检查一下这个问题吗 (stackoverflow.com/questions/69860347/…)