在 find -exec 中使用 zcat 和 sed答案

【问题标题】：Using zcat and sed in find -exec在 find -exec 中使用 zcat 和 sed
【发布时间】：2016-11-09 21:42:50
【问题描述】：

我需要使用几个具有特定名称模式的 gzip 压缩文件的内容创建一个大文本文件。为此，我使用了：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} >> all.txt \;

它工作得很好。问题是，现在我需要动态编辑文本以用“文件名|”替换特定字符“>”。我已经成功地做了这个：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} | sed 's/>/>{}|/g' >> all.txt \;

但我收到以下错误：

我知道糟糕的 bash 很困惑，因为我没有正确指定每个命令的结束位置，但我不知道如何正确地做。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

~~尝试在 -exec 的参数周围加上引号 (")。~~

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec "zcat {} | sed 's/>/>{}|/g'" >> all.txt \;

你需要逃离管道：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} \| sed 's/>/>{}|/g' >> all.txt \;

【讨论】：

【解决方案2】：

-exec 接受一个简单的命令及其参数；它根本不处理管道或重定向等外壳结构。您的原始命令与

相同

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} \; >> all.txt

因为 shell 会立即识别输出重定向并在识别命令 (find) 及其参数之前将其从命令行中删除。

由于sed 需要来自find 的文件名作为其命令的一部分，因此您需要运行一个shell，通过-c 选项将管道作为参数。

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec \
  sh -c "zcat {} | sed 's/>/>{}|/g'" \; >> all.txt

这种方法存在一些问题；修复它们需要使sh 命令更加复杂。如果您使用的是bash 4 或更高版本，我建议您完全放弃find 并使用shell 循环和** glob：

shopt -s globstar
for f in ./**/*dna.toplevel.txt.gz; do
    zcat "$f" | sed "s|>|>$f|g"
done >> all.txt

如果此命令正在创建all.txt，您可以简单地使用> 而不是>>。这也假设$f 不会包含任何| 字符；如果是这样，您将需要选择不同的分隔符。

【讨论】：