在matlab中加载多个图像tiff文件的最快方法是什么？答案

【问题标题】：What is the fastest way to load multiple image tiff file in matlab?在matlab中加载多个图像tiff文件的最快方法是什么？
【发布时间】：2020-04-17 05:54:54
【问题描述】：

我有一个多图像 tiff 文件（例如 3000 帧）并且想将每个图像加载到 matlab 中（我现在使用的是 2010a）。但我发现随着帧索引的增加，读取图像需要更长的时间。以下是我现在使用的代码

   for i=1:no_frame;
   IM=imread('movie.tif',i);
   IM=double(IM);
   Movie{i}=IM;    
   end

有没有其他更快的方法？

【问题讨论】：

标签： image matlab

【解决方案1】：

TIFF-specific syntax list for IMREAD 对'Info' 参数表示以下内容：

从多图像读取图像时 TIFF 文件，传递 imfinfo 作为 'Info' 的值参数帮助imread 找到文件中的图像更快。

结合preallocation of the cell array suggested by Jonas，这应该会为您加快速度：

fileName = 'movie.tif';
tiffInfo = imfinfo(fileName);  %# Get the TIFF file information
no_frame = numel(tiffInfo);    %# Get the number of images in the file
Movie = cell(no_frame,1);      %# Preallocate the cell array
for iFrame = 1:no_frame
  Movie{iFrame} = double(imread(fileName,'Index',iFrame,'Info',tiffInfo));
end

【讨论】：

【解决方案2】：

您可能想要预先分配数组 Movie（或使用 R2011a，在循环内增长数组不是问题）

Movie = cell(no_frame,1);
for i=1:no_frame;
   IM=imread('movie.tif',i);
   IM=double(IM);
   Movie{i}=IM;    
end

【讨论】：

你能给我一个“使用 R2011a，在循环内增长数组不是问题”的参考吗？
@RealReza：在 2011 年的版本中，Matlab 进行了一些性能改进，包括加快循环内数组的增长：blogs.mathworks.com/steve/2011/05/16/…

【解决方案3】：

我遇到了同样的问题，并使用我尝试了此代码找到了this。我得到的时间与他不同，但它仍然比其他图像格式好得多。对于最后一种方法，您应该在您的 matlab 目录中找到 tifflib.mexa64 并将其复制到您的工作目录中。

FileTif='myfile.tif';
InfoImage=imfinfo(FileTif);
mImage=InfoImage(1).Width;
nImage=InfoImage(1).Height;
NumberImages=length(InfoImage);

t=zeros(1,1000);

FinalImage=zeros(nImage,mImage,3,NumberImages,'uint8');
for i=1:NumberImages
tic 
FinalImage(:,:,:,i)=imread(FileTif,'Index',i);
t(i)=toc;
end
%disp(sprintf('test1 timing result:\n\t\t%d',toc));
mean(t)
clear

%%

FileTif='myfile.tif';
InfoImage=imfinfo(FileTif);
mImage=InfoImage(1).Width;
nImage=InfoImage(1).Height;
NumberImages=length(InfoImage);
FinalImage=zeros(nImage,mImage,3,NumberImages,'uint8');

t=zeros(1,1000);
for i=1:NumberImages
   tic
FinalImage(:,:,:,i)=imread(FileTif,'Index',i,'Info',InfoImage);
t(i) = toc;
end
%disp(sprintf('test2 timing result:\n\t\t%d',toc));
mean(t)
clear

%%

FileTif='myfile.tif';
InfoImage=imfinfo(FileTif);
mImage=InfoImage(1).Width;
nImage=InfoImage(1).Height;
NumberImages=length(InfoImage);
FinalImage=zeros(nImage,mImage,3,NumberImages,'uint8');

t=zeros(1,1000);

TifLink = Tiff(FileTif, 'r');
for i=1:NumberImages
tic
TifLink.setDirectory(i);
FinalImage(:,:,:,i)=TifLink.read();
t(i) = toc;
end
TifLink.close();

%disp(sprintf('test3 timing result:\n\t\t%d',toc));
mean(t)
clear

%%


FileTif='myfile.tif';
InfoImage=imfinfo(FileTif);
mImage=InfoImage(1).Width;
nImage=InfoImage(1).Height;
NumberImages=length(InfoImage);
FinalImage=zeros(nImage,mImage,3,NumberImages,'uint8');
FileID = tifflib('open',FileTif,'r');
rps = tifflib('getField',FileID,Tiff.TagID.RowsPerStrip);
 t=zeros(1,1000);
for i=1:NumberImages

tic
tifflib('setDirectory',FileID,i);
% Go through each strip of data.
rps = min(rps,nImage);
for r = 1:rps:nImage
  row_inds = r:min(mImage,r+rps-1);
  stripNum = tifflib('computeStrip',FileID,r);
  FinalImage(row_inds,:,:,i) = tifflib('readEncodedStrip',FileID,stripNum);
end
t(i)=toc;
end
mean(t)
tifflib('close',FileID);

【讨论】：

【解决方案4】：

我编写了一个 Matlab 类来高效快速地读取 TIFF 堆栈。

Load multi-page TIFF stacks into Matlab fast.

或来自文件交换：

Fast lazy-loading of TIFF stacks.

【讨论】：

【解决方案5】：

我发现避免使用 imread 会快得多。试试这个：

function data = FastTiff(filename)

warning('off','all') % Suppress all the tiff warnings

tstack  = Tiff(filename);

[I,J] = size(tstack.read());
K = length(imfinfo(filename));

data = zeros(I,J,K);
data(:,:,1)  = tstack.read();
for n = 2:K
    tstack.nextDirectory()
    data(:,:,n) = tstack.read();
end

warning('on','all')

end

【讨论】：