【问题标题】:RISmed package error: cannot open the connectionRISmed 包错误:无法打开连接
【发布时间】:2018-12-31 12:50:11
【问题描述】:

我正在尝试使用 RISmed 软件包从 PubMed 科学数据库中提取数据。我以前使用过完全相同的程序,但现在我无法让它工作。下面的示例是一个玩具示例。

图书馆(RISmed)

res

文件中的错误(con,“r”):无法打开连接

查询计数(res)

QueryCount(res) 中的错误:找不到对象“res”

'QueryCount(res)' 应该返回使用查询找到的命中数,但由于它没有找到连接,所以它没有找到任何命中。

我有checked,如果 R 有互联网连接,而且看起来确实如此;我的mac似乎也没有任何问题。还有其他人也收到此错误吗?你知道怎么解决吗?

非常感谢您的帮助!

【问题讨论】:

  • traceback()sessionInfo() 的输出可以更清楚地说明错误原因
  • 在这里工作res; [1] "pinkeye[All Fields] AND 2000[PDAT] : 2015[PDAT]"
  • @Osssan traceback() 给出以下内容: 3: file(con, "r") 2: readLines(url, warn = FALSE, encoding = encoding) at #7 1: EUtilsSummary ("pinkeye", type = "esearch", db = "pubmed", datetype = "pdat", mindate = 2000, maxdate = 2015, retmax = 500)

标签: r mesh pubmed


【解决方案1】:

更新包并重新启动 R 就成功了!

我之前尝试过多次更新包,但忘记重新启动 R。

谢谢!

【讨论】:

    【解决方案2】:

    您可以在代码中添加一行 Sys.sleep(0.1) 以在发送下一个搜索请求之前暂停 0.1 秒。它对我有用。

    【讨论】:

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