R：install.packages 中的错误：无法打开连接答案

【问题标题】：R: Error in install.packages : cannot open the connectionR：install.packages 中的错误：无法打开连接
【发布时间】：2018-02-13 08:48:40
【问题描述】：

我试图安装 RINDSEL 包，但我无法安装它，并且我不断收到以下错误：

install.packages 中的错误：无法打开连接

我从以下位置下载了包：

rindsel_1.0_2.zip | Integrated Breeding Platform

并从目录中加载它。可以安装目录中的其他软件包，但不能安装这个。

包是否损坏或是否有任何其他错误？

如果能提供任何帮助，我将不胜感激。提前致谢

【问题讨论】：

你下载它的依赖了吗？您是否在 install.packages 中指定了从您的目录安装？默认情况下，它会尝试从 Internet 安装。
说明仅说明： 1. 软件包 lme4 和 Hmisc 必须从菜单中安装 2. 软件包从本地 zip 文件中选择安装软件包。我都做了，但还是无法安装。
您能提供任何错误信息吗？
或者试试install.packages(file.choose(), repos = NULL, type = "win.binary")，先解压。
我无法使用此过程选择整个包文件夹。它要求我一次选择一个文件。错误消息： install.packages 中的警告：无法打开压缩文件“rindsel_1.0/DESCRIPTION”，可能的原因“没有这样的文件或目录” install.packages 中的错误：无法打开连接

【解决方案1】：

将 zip 文件 RinSel Software 重命名为 Rindsel。这是描述文件中指定的名称。

然后，你可以在R使用命令安装包

install.packages("C:/path/to/Rindsel.zip",repos=NULL,type="win.binary")

这很好用……起初（！！！）。

Rindsel 包的问题是。它很老了。它是用R 2.13.1 构建的。因此，如果您想加载库，这将是在 R 中使用包的下一步，您将收到错误：

Problems building package (Error: "package has been build before R-3.0.0")

我的建议：联系包的作者并询问他们是否可以提供您可以自己构建包的源文件，或者他们是否可以将 Rindsel 包与更新的 R 版本捆绑在一起。

（或者您可以尝试寻找old R version 并查看是否可以使用旧的 R 来运行它...但是，我不会认真建议这样做。这可能会导致与其他需要的包...）

EDIT 15-02-2018：OP 询问是否可以使用可能是 Rindsel 源文件的源构建一个 R 包。

是的，基本上，你可以这样做。您必须创建自己的描述和命名空间文件，并将源文件放在 R 文件夹中，而不是调用 R 中的命令来构建它....

但对于由link OP 发布的脚本文件提供的脚本文件，它不是必需的。

OP，只需运行R 中的脚本！这很容易。

setwd('path/to/your/directory')

source('KNIndex.r')

然后脚本将运行并产生一些输出/提示。

【讨论】：

非常感谢您的帮助。我确实使用此链接 (data.cimmyt.org/dataset.xhtml?persistentId=hdl:11529/10352) 下载了 rindsel 的代码，但我不知道如何构建 R 包。
SelIndices.zip？那不是R包。它只是 R 文件的集合。解压缩此存档并在 R 或 R-Studio 中打开文件。对于 SelIndices.zip，您不需要构建包。在我看来，这与 Rindsel 不同。
是的，Rindsel 基本上只计算选择索引，因此我相信它可能是 Rindsel 的 r 代码。不能用 SelIndices.zip 中的这个 r 代码制作一个包吗？
您不需要 R 包来运行 SelIndices.zip 中的源文件...查看我编辑的答案...

【解决方案2】：

对于未来的读者，我能够通过使用管理权限运行 RStudio 来修复错误，以使命令正常工作。

如果还是不行，可以试试

如果尚未安装“r 工具”，则安装它。可以从那里下载 https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
从https://cran.rstudio.com/ 下载您尝试安装的相关软件包（例如，tidyverse_1.3.0.zip）
并从本地路径安装
也可以使用 install.packages("https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.0/tidyverse_1.3.0.zip") 直接从 Web 安装它

【讨论】：

【解决方案3】：

我遇到了同样的问题。由于某些特定于系统的原因（与 R 无关），R 无法将包文件提取并编译到默认安装目录。我可以通过指定软件包lib 的安装目录来解决这个问题：

install.packages("your package", lib = 'path/to your/required/installation/directory')

然后您可以通过在加载包时指定lib.loc 选项来加载包：

library('your package', lib.loc='path/to your/required/installation/directory')

更好的解决方案：

使用以下目录path/to your/required/installation/directory 创建一个新的环境变量（如果您使用的是 Windows）R_LIBS_USER。这将更改软件包的默认安装目录，并使其更易于加载和安装，而无需每次都指定位置。

【讨论】：