获取像素级蒙版和 WSI 补丁之间的区域

Question

所以基本上我有一个看起来像这样的 WSI（整个幻灯片图像）：

我有一个看起来像这样的 png 蒙版：

连同它在 WSI 上的位置（x：1098，y：2116，宽度：167，高度：378）

现在我要做的是获取 WSI，从 WSI 中创建尺寸为 96x96 的补丁，对于每个补丁，我想检查掩码文件下的白色区域是否至少存在 2/3创建的补丁。 例如，这是我创建补丁的伪代码：

self.crop_size = 96
is_fit = False
while True:
    patch_x = 0
    while True:
        patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
        if patch_x + self.crop_size > width:
            patch_x = width - self.crop_size
            patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
            break
        else:
            patch_x += self.crop_size
    if patch_y + self.crop_size > height:
        patch_y = height - self.crop_size
        patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
        break
    else:
        patch_y += self.crop_size

现在对于每个补丁（我认为是我在patches.append() 中插入的元组的补丁）我希望能够将True 设置为is_fit，如果至少有2/3 的蒙版白色区域存在在补丁中。 请注意，在这里我有权从代码中打开掩码文件，但不能从 WSI 打开，因为它会占用太多内存。 有任何想法吗？ 谢谢。

Answer 1

您可以应用以下算法：

• 对于 WSI 中的每个补丁 (x, y, width, height)，计算其相对于掩码位置的坐标：(x2, y2, width2, height2)。 min 和 max 这里有一些计算，但没有什么是不可能的。

• 对于每个补丁，计算比率cv2.countNonZero(mask[y2:y2+height2, x2:x2 + width2]) / (self.crop_size * self.crop_size)。如果这个比率高于 2/3，那么你可以将你的补丁设置为isFit = True。

为了获得补丁在掩码中的位置，我们假设掩码是一个矩形，在 WSI 中坐标为(x_m, y_m, width_m, height_m)。 然后一个补丁(x, y, width, height) 将在掩码中具有以下坐标：

• x2 = max(x - x_m, 0) 该值可能高于width_m，在这种情况下，您可以忽略补丁，因为它完全位于遮罩之外。

• y2 = max(y - y_m, 0) 该值可能高于height_m，在这种情况下，您可以忽略补丁，因为它完全位于遮罩之外。

• width2 = min(self.crop_size, width_m - x2)

• height2 = min(self.crop_size, height_m - y2)