最大化网络可视化中的绘图答案

【问题标题】：Maximize the plot in network visualization最大化网络可视化中的绘图
【发布时间】：2017-04-25 22:15:59
【问题描述】：

我正在制作一个包含 748 个顶点和 2228 个边的大型网络可视化。

它看起来类似于下面产生的情节：

library(networkDynamic) 
library(network) 
library(sna) 
library(intergraph) 
library(igraph)

# Set up data set.seed(123) 
g <- barabasi.game(750)

# Plot data 
  plot.igraph(g,
     margin = c(0, 0, 0, 0),
     rescale = TRUE,
     edge.arrow.size= .2,
     vertex.size = 4,
     vertex.label=NA)

有没有办法避免顶点聚集在一起？

我尝试设置边距，使绘图区域可以最大化，但它不起作用。

【问题讨论】：

你为什么要加载所有这些包？我想你的代码只需要igraph。你可能想看看here。
那是写的，我从我正在处理的代码中复制了它，忘记删除它们。

标签： r plot igraph

【解决方案1】：

我认为最好使用qgraph 来获得Fruchterman-Reingold 布局。之前igraph 也可以做到，但在最近的版本中，算法已经被重写，它失去了这个功能。使用qgraph 不是我的主意，我在某个地方见过，但不记得在哪里，抱歉错过了学分。

library(igraph)
library(qgraph)

make_fr_layout <- function(g){
    # layout with qgraph
    # g is an igraph object
    el <- get.edgelist(g, names = FALSE)
    lo <- qgraph.layout.fruchtermanreingold(el, vcount = vcount(g),
                                            area = vcount(g)^2.3,
                                            repulse.rad = vcount(g)^2.1,
                                            niter = 3000)
    lo
}

set.seed(123)
g  <- barabasi.game(750)
lo <- make_fr_layout(g)

cairo_pdf(filename = 'nice-layout.pdf')

    plot.igraph(g,
        layout = lo,
        margin = c(0, 0, 0, 0),
        rescale = TRUE,
        edge.arrow.size = .2,
        vertex.size = 4,
        vertex.label = NA)

dev.off()

【讨论】：