如何在 R 中创建核密度图网格

【问题标题】：How to create grid of kernel density plots in R如何在 R 中创建核密度图网格
【发布时间】：2019-11-13 20:11:46
【问题描述】：

我想绘制一些高维密度的样本。我喜欢创建它们的网格，在它们交叉时绘制它们的二元密度。例如，在 Bayes and Big Data - The Consensus Monte Carlo Algorithm，Scott 等人。（2016）有以下情节：

在该图中，对角线上方是大小刚好足以拟合图的分布。在下面的对角线中，双变量密度绘制在一个共同的比例上。

有谁知道我怎样才能实现这样的情节？

例如，如果我刚刚使用以下方法生成了一个 5 维高斯分布：

library(MASS)

data <- MASS::mvrnorm(n=10000, mu=c(1,2,3,4,5), Sigma = diag(5))

【问题讨论】：

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

使用 ggforce 包中的 facet_matrix() 相对容易。您只需要指定哪个图层位于绘图的哪个部分（即layer.upper = 1 表示第一层（geom_density2d()）应该位于矩阵的上三角部分。geom_autodensity() 确保 KDE 接触情节的底部。

library(MASS)
library(ggforce)

data <- MASS::mvrnorm(n=10000, mu=c(1,2,3,4,5), Sigma = diag(5))

df <- as.data.frame(data)

ggplot(df) +
  geom_density2d(aes(x = .panel_x, y = .panel_y)) +
  geom_autodensity() +
  geom_point(aes(x = .panel_x, y = .panel_y)) +
  facet_matrix(vars(V1:V5), layer.upper = 1, layer.diag = 2)

有关facet_matrix() 的更多详细信息已发布here。

【讨论】：