两个 Linux 集群的 R 库路径答案

【问题标题】：R library path for two Linux clusters两个 Linux 集群的 R 库路径
【发布时间】：2018-12-05 01:59:45
【问题描述】：

我正在使用两个共享相同文件系统的 Linux 集群。因此，当我在其中一个集群中安装库时，它们安装在两个集群共享的同一个文件夹（/home/R）中，如果稍后我在另一个集群上工作，这会导致冲突。

你知道是否有任何外部变量甚至任何 R 隐藏配置我可以使用，这样，在一个集群上启动 R（或 Rstudio）时，它可以检测集群和库位置的相应路径（例如 /home/R/cluster1 和 /home/R/cluster2）？

谢谢。

【问题讨论】：

没有回答您的问题，但我发现 anaconda 在一个集群上安装的 R 在另一个集群上运行良好。因此，除非您想安装不同的 R 安装或 R 库目录，否则您不需要两个独立的R 或 R 库的版本。

标签： r rstudio

【解决方案1】：

是的，它应该非常简单。创建一个Rprofile.site 文件（请参阅Initialization at Startup 文档了解其内容）。在该文件中，您可以编写 R 代码来检测您所在的集群。

一旦您知道您所在的集群，请使用.libPaths() 函数（请参阅libPaths docs）更改库路径。

R 将在每次启动新会话时运行 Rprofile.site 文件，因此每个会话都应针对其所在的集群调整其库路径。

【讨论】：