从 glm 拟合的 lapply 列表中提取 p 值答案

【问题标题】：Extracting p-value from lapply list of glm fits从 glm 拟合的 lapply 列表中提取 p 值
【发布时间】：2016-09-26 03:39:05
【问题描述】：

我正在使用 lapply 一次对一个因变量和一个自变量执行多个 glm 回归。现在我对每个自变量的Pr(>|z|) 特别感兴趣。但是，我不确定如何使用 lapply 的列表仅报告 Pr(>|z|)。

如果我一次只运行一个模型： coef(summary(fit))[,"Pr(>|z|)"] 或者 summary(fit)$coefficients[,4] 会工作（如here 所述），但尝试与lapply 类似的东西似乎不起作用。我可以使用带有访问器方法的lapply 和glm 或直接从模型中调用来获取p 值吗？

#mtcars dataset
vars <- names(mtcars)[2:8]
fits <- lapply(vars, function(x) {glm(substitute(mpg ~ i, list(i = as.name(x))), family=binomial, data = mtcars)})
lapply(fits,summary) # this works
lapply(fits, coefficients) # this works
#lapply(fits, summary(fits)$coefficients[,4])# this for example does not work

【问题讨论】：

标签： r glm lapply

【解决方案1】：

你想做的：

lapply(fits, function(f) summary(f)$coefficients[,4])

但是，如果每个项目只是一个 p 值，您可能更愿意使用向量而不是列表，因此您可以使用 sapply 而不是 lapply：

sapply(fits, function(f) summary(f)$coefficients[,4])

【讨论】：

【解决方案2】：

当您运行lapply(fits, summary) 时，它会创建一个summary.glm 对象列表，每个对象都使用print.summary.glm 打印

如果你保存这个

 summaries <- lapply(fits, summary)

然后你可以遍历并提取系数矩阵

 coefmat <- lapply(summaries, '[[', 'coefficients')

然后是第四列

 lapply(coefmat, '[', , 4)

【讨论】：