在R中使用igraph打印带有节点度的边缘列表答案

【问题标题】：Printing edge list with node degrees using igraph in R在R中使用igraph打印带有节点度的边缘列表
【发布时间】：2023-03-20 09:45:02
【问题描述】：

我是使用 igraph 和 R 的新手，想要做以下事情：

1) 计算路径长度分布。我可以使用库中的直接函数找到平均路径长度，但是如何为每对顶点执行此操作，以便获得路径长度分布？

2) 我想找出所有度数高于邻居的节点。我尝试将 E() 函数与 degree() 结合使用，但它不起作用。

谢谢

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

对于 2)，它实际上更简单、更快并且在我看来更易读：

g <- graph.formula(1-2-3-4, 2-5)
degs <- degree(g)
sapply(V(g), function(x) all(degs[neighbors(g, x)] < degs[x]))
# [1] FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE

【讨论】：

【解决方案2】：

1) 可以使用path.length.hist解决：

g <- graph.data.frame(data.frame(a=c(1:3),b=c(2:4)),directed=FALSE)
plot(g)

## (1)--(2)--(3)--(4)

out <- path.length.hist(g,directed=FALSE)
out
#$res
#[1] 3 2 1
#
#$unconnected
#[1] 0

所以out$res 给出了 3 条长度==1 的路径、2 条长度==2 和 1 条长度==3 的路径，这本质上是直方图/条形图数据。如有必要，您可以扩展以获得表示分布的向量，例如：

rep(seq_along(out$res),out$res)
#[1] 1 1 1 2 2 3

签出：

mean(rep(seq_along(out$res),out$res))
#[1] 1.666667
average.path.length(g)
#[1] 1.666667

2) - 可能是这样的：

g <- graph.data.frame(data.frame(a=c(1:3,2),b=c(2:4,5)),directed=FALSE)
# node 2 has a higher degree than its neighbours
sapply(
  neighborhood(g,order=1),
  function(x) {degs <- degree(g,x); all(degs[1] > degs[-1]);} 
)
#[1] FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE

【讨论】：