【问题标题】:how do you adjust the residuals of a linear mixed model?你如何调整线性混合模型的残差?
【发布时间】:2020-08-15 09:44:35
【问题描述】:

我在收集将由其他人执行的功率计算所需的数据时遇到问题。我的统计数据和编码能力很少,所以真的需要一些帮助!

实验设置: 来自 2 个不同组的男性和女性受试者(=sex, M/F) (=基因型,WT/KO)。我需要知道我需要分析多少主题和多少样本/主题。我已经为每个条件分析了 2 个主题,每个主题 20 个样本,这提供了我用于功率计算的数据集。

我目前正在使用线性混合模型分析,例如:

logdendritemeandiameter.lm <- lmer(log(Dendrite_Mean_Diameter) ~ 
        sex + genotype + (1|subject), data = dendrite)

问题: 我被要求“保存针对性别调整的残差,将它们标准化,并分别发送 KO 组和 WT 组的均值和 SD。”出于各种原因,这是我能得到的关于我必须做什么的最佳解释。

问题:我已经标准化了我的残差使用:

stres = residuals(logdendritemeandiameter.lm, type = "pearson")

但是,我不明白如何调整性别残差以及如何分别获得每个基因型的均值和 SD。有什么建议吗?

【问题讨论】:

    标签: r statistics


    【解决方案1】:

    关于这个问题有几处我不明白,但我会尽力提供帮助。

    • 从统计的角度来看,非常冒险使用部分数据集来计算您需要采集多少样本的功效。您应该先验根据 (1) 预期 [或最小兴趣] 效果大小进行功效分析; (2) 基于以往实验或误差项(主体间方差、残差方差)大小的常识的想法

    • 我不确定“保存针对性别调整的残差,将它们标准化并分别发送 KO 组和 WT 组的均值和 SD”。听起来有人可能(?)希望您拟合仅考虑性别的模型,而不是基因型(具有水平WT(野生型)或KO(敲除)?):

      newmod <- update(model_with_a_long_name, . ~ . -genotype)
      r <- residuals(newmod)
      aggregate(r, by=dendrite$genotype, "mean")
      aggregate(r, by=dendrite$genotype, "sd")
      

    我建议回到那些告诉你“标准化残差”的人那里,并要求他们澄清他们的实际意思......

    【讨论】:

    • 嗨 Ben,感谢您的快速回复和代码。当涉及到这种分析的样本量时,文献非常多变,而且我正在研究的淘汰赛以前没有被描述过(更不用说性对它的影响了),所以很难知道先验会发生什么.在当前数据集中,组间的差异在视觉上很明显且非常显着(所有组合的 p
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