"anova_test" 函数错误（0 (non_NA) 例）和双向重复 anova 的线性组合

Question

我正在尝试使用 rstatix 包中的 anova_test 函数在 R 中运行双向重复测量 anova。我大致遵循找到here 的教程。我的数据由几个蚁群（“蚁群”）组成，每个蚁群分为 3 个处理（“大小”）。我收集了超过 8 个时间点（“时间”）的数据（“g”）。我已经在github上上传了subset of my data，不过这里是一个简单的总结：

 # A tibble: 24 x 6
   Species Colony Fragment Size  Time      g
   <fct>   <fct>  <fct>    <fct> <fct> <dbl>
 1 obs     5      5L       L     1     0.565
 2 obs     2      2L       L     2     0.002
 3 obs     8      8L       L     3     0.699
 4 obs     12     12L      L     4     0.257
 5 obs     12     12L      L     5     0.131
 6 obs     3      3L       L     6     0.014
 7 obs     10     10L      L     7     0.15 
 8 obs     12     12L      L     8     0.054
 9 obs     10     10M      M     1     0.448
10 obs     8      8M       M     2     0.135
# ... with 14 more rows

我尝试了三种不同的方式运行双向重复测量 anova，代码如下：

aov <- df %>% anova_test(g ~ Size*Time + Error(Colony/(Size*Time)))
aov <- df %>% anova_test(dv=g, wid = Colony, within= c(Size,Time))
aov <- anova_test(data = df, dv=g, wid=Colony, within=c(Size, Time))

它们各自输出以下错误：

Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
  0 (non-NA) cases

我在两个格式与我的数据集相似的示例数据集上尝试了相同的代码，并且该函数完美运行（并且每种方法输出相同的结果）。以下是示例数据集的摘要供参考：

# A tibble: 6 x 4
  id    treatment time  score
  <fct> <fct>     <fct> <dbl>
1 7     ctr       t1       92
2 6     ctr       t2       65
3 12    ctr       t3       62
4 6     Diet      t1       76
5 9     Diet      t2       94
6 7     Diet      t3       87



# A tibble: 6 x 4
        len supp   dose    id
      <dbl> <fct> <dbl> <int>
    1  21.5 OJ      0.5     2
    2  14.5 OJ      1       9
    3  22.4 OJ      2       3
    4   4.2 VC      0.5     1
    5  17.3 VC      1       4
    6  29.5 VC      2      10

我已验证我的数据没有任何 NA 值，any(is.na(df)) 返回 FALSE。

我遇到了similar question，一位有用的发帖人建议这个错误可能是由于线性组合，而不是 NA 值。我决定使用lm(g ~ Colony+Time:Size, data=df) 检查我的数据，事实上，我确实有一个线性组合：

Call:
lm(formula = g ~ Colony + Time:Size, data = df)

Coefficients:
(Intercept)      Colony1      Colony2      Colony3      Colony4      Colony5  Time1:SizeL  Time2:SizeL  Time3:SizeL  
   0.044167    -0.118549    -0.108424     0.076868     0.073243     0.034368     0.213000     0.351167     0.199833  
Time4:SizeL  Time5:SizeL  Time6:SizeL  Time7:SizeL  Time8:SizeL  Time1:SizeM  Time2:SizeM  Time3:SizeM  Time4:SizeM  
   0.060667     0.071333     0.005000     0.017000    -0.029167     0.239667     0.216333     0.174667     0.050500  
Time5:SizeM  Time6:SizeM  Time7:SizeM  Time8:SizeM  Time1:SizeS  Time2:SizeS  Time3:SizeS  Time4:SizeS  Time5:SizeS  
   0.069500     0.033167     0.011500    -0.003667    -0.015500     0.081167     0.020000     0.042500     0.026333  
Time6:SizeS  Time7:SizeS  Time8:SizeS  
  -0.014333    -0.000500           NA  

但是，我不明白为什么。 Time8:SizeS 类别与所有其他 Time:Size 组合基本相同。如果有人能解释为什么我可能会遇到这个错误，或者有一个解决方案来解决我如何对我的数据执行双向重复测量 anova（有或没有 anova_test），我将不胜感激它！

提前致谢！

Answer 1

我需要再次阅读 rstatix::anova_test 的代码，但是您的设计还可以，它是平衡的，导致所有问题的原因是额外的列。我怀疑某个地方的旋转因为列而失控：

library(rstatix)
library(dplyr)

df=read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mwest9/sample_data/master/test_repeat_anova.csv")

df$Colony = factor(df$Colony)
df$Time = factor(df$Time)

df %>% select(g,Size,Time,Colony) %>%
anova_test(g ~ Size*Time + Error(Colony/(Size*Time)))

ANOVA Table (type III tests)

     Effect DFn DFd     F       p p<.05   ges
1      Size   2  10 4.098 0.05000       0.075
2      Time   7  35 5.428 0.00028     * 0.209
3 Size:Time  14  70 1.595 0.10200       0.099

请注意，它只报告方差分析，而不是其他球形度测试：

Mauchly 的球形检验：如果任何 Ss 内变量具有更多 存在超过 2 个级别，一个包含以下结果的数据框 Mauchly 的球形度检验。仅报告具有 超过 2 个级别，因为球形度必然适用于效果 只有2个级别。 • 球度校正：如果有任何内 Ss 变量存在，包含温室盖瑟的数据框 和 Huynh-Feldt epsilon 值，以及相应的校正 p 值。