【问题标题】:Calculating the inverse of a sparse matrix using Cholmod and Cholmod-Extra使用 Cholmod 和 Cholmod-Extra 计算稀疏矩阵的逆
【发布时间】:2015-11-29 10:29:58
【问题描述】:

我最近安装了Cholmod,以便在一些 C++ 代码中执行稀疏 Cholesky 分解。然后我想使用 decomp 来计算矩阵逆(我有以下问题:

d^T . (A^-1 + B^-1)^-1 . d

其中d是一个向量^T表示转置,AB是稀疏的)

我想计算B 的实际倒数,然后可以线性求解涉及总和的解。调用它的代码如下:

cholmod_common Common, *cm ;
cm = &Common ;
cholmod_start (cm) ;
cm->print=5;
Common.supernodal = CHOLMOD_SUPERNODAL ;
double *Tx, x;
int *Ti, *Tj, *Rdeg, *Cdeg,j;
cholmod_triplet *T ;
size_t nrow;           
size_t ncol;           
size_t nnz ;            

nrow=Csize;
ncol=Csize;
nnz=numpulsars*numpulsars*numcoeff;

T = cholmod_allocate_triplet(nrow,ncol,nnz,0,CHOLMOD_REAL, cm) ;
Ti=(int*)T->i;
Tj=(int*)T->j;
Tx=(double*)T->x;

for(int i=0;i<numpulsars;i++){      
            for(int j=0;j<numpulsars;j++){
                    if(i==j){
                            pcorr=1.0;
        }
                    else{   
                            angle=pulsarCartesian[i][0]*pulsarCartesian[j][0] +pulsarCartesian[i][1]*pulsarCartesian[j][1]+pulsarCartesian[i][2]*pulsarCartesian[j][2];
                            pcorr=(1.5*(0.5*(1-angle))*log(0.5*(1-angle)) - 0.25*0.5*(1-angle) + 0.5);
                    }

                    for(int c1=0; c1<numcoeff; c1++){
                                    val= pcorr*powercoeff[c1];
                Ti[T->nnz]=i*numcoeff+c1;
                Tj[T->nnz]=j*numcoeff+c1;
                Tx[T->nnz]=val;
                (T->nnz)++;


                    }
           }
    }


cholmod_sparse *PPFMSparse;
cholmod_factor *L ;
cholmod_dense *spinvK;
PPFMSparse=cholmod_triplet_to_sparse(T,T->nnz,cm);
//  cholmod_print_sparse(PPFMSparse, "PPFMSparse", cm); 
L = cholmod_analyze (PPFMSparse, cm) ;
cholmod_factorize (PPFMSparse, L, cm) ;

cholmod_sparse *PPFMinv; 

PPFMinv=cholmod_spinv(L,cm);
//  cholmod_print_sparse(PPFMinv, "PPFMinv", cm);
spinvK = cholmod_sparse_to_dense(PPFMinv, &Common) ;
cholmod_print_dense(spinvK, "spinvK", cm);
cholmod_free_sparse(&PPFMinv,cm);
cholmod_free_factor (&L, cm) ;
cholmod_free_sparse(&PPFMSparse,cm);
cholmod_free_triplet (&T, cm) ;
cholmod_free_dense (&spinvK, cm) ;
cholmod_finish(cm);

我发现https://cholmod-extra.readthedocs.org/en/latest/functions.html 这个函数是用来计算倒数的,但它给了我一些与倒数平方相关的东西,而不是倒数。我只是想知道是否有人有使用它的经验,或者在 C++ 中计算稀疏矩阵的逆矩阵的等价物。

干杯 林德利

【问题讨论】:

    标签: c++ linear-algebra sparse-matrix matrix-inverse suitesparse


    【解决方案1】:

    我之前用过JAMA。它有 Cholesky 分解。

    【讨论】:

    • JAMA 是否支持稀疏矩阵?该代码似乎只是在密集矩阵中执行正常的cholesky decomp,在这种情况下我只需使用lapack或其他东西。
    • JAMA 使用 TNT (Template Numerical Toolkit),它支持稀疏矩阵math.nist.gov/tnt/overview.html#structures,所以我猜是这样
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