【发布时间】:2020-07-03 15:37:39
【问题描述】:
def codon_usage(seq, aminoacid):
"""Provides the frequency of each codon encoding a given aminoacid in a DNA sequence"""
tmpList = []
for i in range(0, len(seq) - 2, 3):
if DNA_Codons[seq[i:i + 3]] == aminoacid:
tmpList.append(seq[i:i + 3])
freqDict = **dict(Counter**(tmpList))
totalWight = sum(freqDict.values())
for seq in freqDict:
freqDict[seq] = round(freqDict[seq] / totalWight, 2)
return freqDict
您好,我正在尝试此代码,但无法使其运行。 'dict(Counter(list)' 应该检索一个字典,其中键是我的序列,值是该键出现的次数。但是,错误消息是未定义 'count' 变量。这段代码来自使用 Linux 的视频 有人可以帮我吗?
【问题讨论】:
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Counter未在任何地方定义。这不是 Windows 的事情。很可能,这意味着来自collections模块 -
你没事!谢谢
标签: python windows bioinformatics