使用 anaconda scipy 对大矩阵进行对角化时出错答案

【问题标题】：Error when diagonalising large matrices using anaconda scipy使用 anaconda scipy 对大矩阵进行对角化时出错
【发布时间】：2017-12-26 09:41:39
【问题描述】：

我最近从在 mac OS X 上使用 homebrew python 切换到使用 anaconda，并且在对角化大（ish）矩阵时开始出现错误。使用超过 3000x3000 个条目的矩阵调用 scipy.linalg.eigvalsh(A) 会出现错误：

$HOME/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/decomp.pyc in eigvalsh(a, b, lower, overwrite_a, overwrite_b, turbo, eigvals, type, check_finite)
    762                 overwrite_a=overwrite_a, overwrite_b=overwrite_b,
    763                 turbo=turbo, eigvals=eigvals, type=type,
--> 764                 check_finite=check_finite)
    765 
    766 

$HOME/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/decomp.pyc in eigh(a, b, lower, eigvals_only, overwrite_a, overwrite_b, turbo, eigvals, type, check_finite)
    385         if eigvals is None:
    386             w, v, info = evr(a1, uplo=uplo, jobz=_job, range="A", il=1,
--> 387                              iu=a1.shape[0], overwrite_a=overwrite_a)
    388         else:
    389             (lo, hi) = eigvals

ValueError: On entry to ZHBRDB parameter number 12 had an illegal value

最后的错误消息似乎类似于这个旧的 scipy 问题：scipy/issues/5401，但我遇到问题的矩阵要小得多。

运行print np.__config__.show() 给出：

lapack_opt_info:
    libraries = ['mkl_rt', 'pthread']
    library_dirs = ['$HOME/anaconda2/lib']
    define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)]
    include_dirs = ['$HOME/anaconda2/include']
blas_opt_info:
    libraries = ['mkl_rt', 'pthread']
    library_dirs = ['$HOME/anaconda2/lib']
    define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)]
    include_dirs = ['$HOME/anaconda2/include']
lapack_mkl_info:
    libraries = ['mkl_rt', 'pthread']
    library_dirs = ['$HOME/anaconda2/lib']
    define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)]
    include_dirs = ['$HOME/anaconda2/include']
blas_mkl_info:
    libraries = ['mkl_rt', 'pthread']
    library_dirs = ['$HOME/anaconda2/lib']
    define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)]
    include_dirs = ['$HOME/anaconda2/include']
None

【问题讨论】：

Anaconda 可能使用旧版本的 Lapack 来支持向后兼容性。你使用的是什么版本的 SciPy？
我正在使用运行 anaconda 更新的最新版本，'1.0.0'
您现在可能正在使用 MKL，而之前可能有所不同。
是的，我认为这是正确的，我已将 np.__config__.show() 的输出添加到问题中
这是已知的，我认为 MKL+conda 中的一个错误 github.com/scipy/scipy/issues/8205

标签： python scipy anaconda lapack

【解决方案1】：

就目前而言，这是一个 MKL 错误，根据SciPy issue 8205 中的讨论，@brd490 已善意报告，并且是accepted by the Intel MKL team

请注意，OpenBLAS 构建的 SciPy 没有此问题。然而，与此同时，我们也注意到scipy.linalg.eigh 中的最佳工作区数组大小不正确。一旦决定如何更改底层?SYEVR/ 的签名，这也将得到纠正。 ?HEEVR 包装器。

作为奖励，可能有人能够有选择地计算特征值，因为最初这些例程允许这样做，但没有在 scipy.linalg.eigh 中公开。

【讨论】：