如何在 R 中打开 MODIS NetCDF 文件？答案

【问题标题】：How to open MODIS NetCDF file in R?如何在 R 中打开 MODIS NetCDF 文件？
【发布时间】：2021-03-11 07:46:44
【问题描述】：

我正在尝试在 R 中打开 MODIS Aqua NetCDF 文件 (https://oceandata.sci.gsfc.nasa.gov/MODIS-Aqua/L3SMI/2010/001/)。我尝试了很多包，但似乎没有一个能够处理文件格式。

library(ncdf4)

这不起作用。

nc_open("~/Desktop/A20100012010008.L3b_8D_CHL.nc")
#> Error in ncvar_type_to_string(rv$precint): Error, unrecognized type code of variable supplied: -1

但是，它适用于所有其他 NetCDF 文件。例如，我可以打开 CCI 合并文件。

head(nc_open("~/Desktop/ESACCI-OC-L3S-CHLOR_A-MERGED-1M_MONTHLY_4km_GEO_PML_OCx-201701-fv5.0.nc"))
#> $filename
#> [1] "~/Desktop/ESACCI-OC-L3S-CHLOR_A-MERGED-1M_MONTHLY_4km_GEO_PML_OCx-201701-fv5.0.nc"
#> 
#> $writable
#> [1] FALSE
#> 
#> $id
#> [1] 131072
#> 
#> $safemode
#> [1] FALSE
#> 
#> $format
#> [1] "NC_FORMAT_NETCDF4_CLASSIC"
#> 
#> $is_GMT
#> [1] FALSE

关于为什么这不起作用的任何想法？

^{由reprex package (v1.0.0) 于 2021-02-20 创建}

【问题讨论】：

检查文件大小并确保您获得了完整的文件？ file.size(file.choose())
大约为 180 Mb。它对我尝试过的所有文件都是一样的。
这个人也有同样的错误信息，github.com/hypertidy/ncmeta/issues/3也许ncmeta包能找到问题？
组和复合类型，ncdf4 和 RNetCDF 不支持复合类型 - 需要 rhdf5，例如github.com/sosoc/croc/blob/master/R/read_L3_file_hdf5.R

标签： r netcdf

【解决方案1】：

当我使用ncdump 查看其中一个"Binned" files 时，它具有组属性，这意味着它使用NetCDF enhanced data model。因此，大多数 netCDF 软件都不支持它。 ncdump 应该允许您批量导出到文本。另一种可能性是使用 HDF5 库读取文件。否则，我建议您以其他方式获取数据。也许工作的 NetCDF 文件可能具有相同的数据，只是打包方式不同？这是ncdump 输出的一部分

group: level-3_binned_data {
  types:
    compound binListType {
      uint bin_num ;
      short nobs ;
      short nscenes ;
      float weights ;
      float time_rec ;
    }; // binListType
    compound binDataType {
      float sum ;
      float sum_squared ;
    }; // binDataType
    compound binIndexType {
      uint start_num ;
      uint begin ;
      uint extent ;
      uint max ;
    }; // binIndexType
  dimensions:
        binListDim = UNLIMITED ; // (5643478 currently)
        binDataDim = UNLIMITED ; // (5643478 currently)
        binIndexDim = UNLIMITED ; // (4320 currently)
  variables:
        binListType BinList(binListDim) ;
        binDataType chlor_a(binDataDim) ;
        binDataType chl_ocx(binDataDim) ;
        binIndexType BinIndex(binIndexDim) ;
  data:
  } // group level-3_binned_data

【讨论】：